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- PDB-6jay: Crystal structure of Ostrinia furnacalis Group II chitinase catal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jay
タイトルCrystal structure of Ostrinia furnacalis Group II chitinase catalytic domain 1 in complex with a dipyrido-pyrimidine derivative
要素Group II chitinase
キーワードHYDROLASE / inhibitor complex / chitinase
機能・相同性
機能・相同性情報


endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II ...Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JUK / Group II chitinase
類似検索 - 構成要素
生物種Ostrinia furnacalis (アワノメイガ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.498 Å
データ登録者Chen, W. / Zhou, Y. / Yang, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31425021 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural dissection reveals a general mechanistic principle for group II chitinase (ChtII) inhibition.
著者: Chen, W. / Zhou, Y. / Yang, Q.
履歴
登録2019年1月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Group II chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1103
ポリマ－44,4681
非ポリマー6422
水8,449469
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area14450 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)98.529, 98.529, 94.447
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Group II chitinase


分子量: 44468.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ostrinia furnacalis (アワノメイガ)
発現宿主: Komagataella pastoris GS115 (菌類) / 参照: UniProt: A0A221ZS22, chitinase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-JUK / 2-amino-1-[(furan-2-yl)methyl]-5-oxo-3-({[(2S)-oxolan-2-yl]methyl}carbamoyl)-5H-dipyrido[1,2-a:2',3'-d]pyrimidin-1-ium


分子量: 420.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H22N5O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細The residues 1863-1878 (GDKWDSPREQWRKDAN) seriously influenced its expression and crystallization, ...The residues 1863-1878 (GDKWDSPREQWRKDAN) seriously influenced its expression and crystallization, so they were replaced by ENRGIH, the corresponding residues in ChtII of Bombyx mori.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M sodium chloride, 0.1M Tris (pH 8.5) and 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.498→50 Å / Num. obs: 133121 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 1.498→1.53 Å / 冗長度: 12.8 % / Num. unique obs: 3676 / Rsym value: 1.361 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Y29

5y29


解像度: 1.498→27.327 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1839 3658 2.75 %
Rwork0.173 --
obs0.1733 133115 93.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.498→27.327 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3030 0 45 469 3544
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073181
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0084330
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7731162
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005549
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4984-1.51810.2553840.22992907X-RAY DIFFRACTION54
1.5181-1.53890.229880.22423280X-RAY DIFFRACTION62
1.5389-1.56090.23511220.22663607X-RAY DIFFRACTION68
1.5609-1.58420.23661100.21124078X-RAY DIFFRACTION76
1.5842-1.6090.24891370.22014384X-RAY DIFFRACTION83
1.609-1.63530.23191100.21624840X-RAY DIFFRACTION91
1.6353-1.66350.21491590.21115103X-RAY DIFFRACTION95
1.6635-1.69380.23241350.21635237X-RAY DIFFRACTION98
1.6938-1.72630.27421540.19825329X-RAY DIFFRACTION100
1.7263-1.76160.22391430.19545348X-RAY DIFFRACTION100
1.7616-1.79990.21751560.18685295X-RAY DIFFRACTION100
1.7999-1.84170.16271350.17835327X-RAY DIFFRACTION100
1.8417-1.88780.19691560.17575368X-RAY DIFFRACTION100
1.8878-1.93880.19831410.17025325X-RAY DIFFRACTION100
1.9388-1.99580.17341590.16095337X-RAY DIFFRACTION100
1.9958-2.06020.15931510.16175318X-RAY DIFFRACTION100
2.0602-2.13390.14571600.16145359X-RAY DIFFRACTION100
2.1339-2.21930.18121560.16825315X-RAY DIFFRACTION100
2.2193-2.32020.18531470.16175339X-RAY DIFFRACTION100
2.3202-2.44250.20181430.16825324X-RAY DIFFRACTION100
2.4425-2.59540.1591510.16445356X-RAY DIFFRACTION100
2.5954-2.79560.17411610.16865327X-RAY DIFFRACTION100
2.7956-3.07660.18641450.17015337X-RAY DIFFRACTION100
3.0766-3.5210.17951450.16155346X-RAY DIFFRACTION100
3.521-4.4330.15061620.14935335X-RAY DIFFRACTION100
4.433-27.33160.18041480.17965336X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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