PDB-6jay: Crystal structure of Ostrinia furnacalis Group II chitinase catal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jay

タイトル

Crystal structure of Ostrinia furnacalis Group II chitinase catalytic domain 1 in complex with a dipyrido-pyrimidine derivative

要素

Group II chitinase

キーワード

HYDROLASE / inhibitor complex / chitinase

機能・相同性

機能・相同性情報

chitinase / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Ostrinia furnacalis (アワノメイガ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.498 Å

データ登録者

Chen, W. / Zhou, Y. / Yang, Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural dissection reveals a general mechanistic principle for group II chitinase (ChtII) inhibition.
著者: Chen, W. / Zhou, Y. / Yang, Q.

履歴

登録	2019年1月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jay.cif.gz	104.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jay.ent.gz	75.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jay.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jay_validation.pdf.gz	787.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jay_full_validation.pdf.gz	791.6 KB	表示
XML形式データ	6jay_validation.xml.gz	21.1 KB	表示
CIF形式データ	6jay_validation.cif.gz	32.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/6jay ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/6jay	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6javC 6jawC 6jaxC 5y29S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6jaw-d 5y2b-d 1uqy-d 2uw3-d 1ynp-2 1sb8-d 5y29-d 1m3s-2 3gr2-2 4hpu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Group II chitinase

ヘテロ分子

45.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.529, 98.529, 94.447
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質

Group II chitinase

分子量: 44468.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Ostrinia furnacalis (アワノメイガ)
発現宿主:

Komagataella pastoris GS115 (菌類) / 参照: UniProt: A0A221ZS22, chitinase

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-JUK / 2-amino-1-[(furan-2-yl)methyl]-5-oxo-3-({[(2S)-oxolan-2-yl]methyl}carbamoyl)-5H-dipyrido[1,2-a:2',3'-d]pyrimidin-1-ium

分子量: 420.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₂H₂₂N₅O₄

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

配列の詳細

The residues 1863-1878 (GDKWDSPREQWRKDAN) seriously influenced its expression and crystallization, ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.28 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M sodium chloride, 0.1M Tris (pH 8.5) and 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 300 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.498→50 Å / Num. obs: 133121 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / R_sym value: 0.097 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 1.498→1.53 Å / 冗長度: 12.8 % / Num. unique obs: 3676 / R_sym value: 1.361 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5Y29

5y29

解像度: 1.498→27.327 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1839	3658	2.75 %
R_work	0.173	-	-
obs	0.1733	133115	93.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.498→27.327 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3030	0	45	469	3544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3181
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.008	4330
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.773	1162
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	439
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	549

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4984-1.5181	0.2553	84	0.2299	2907	X-RAY DIFFRACTION	54
1.5181-1.5389	0.229	88	0.2242	3280	X-RAY DIFFRACTION	62
1.5389-1.5609	0.2351	122	0.2266	3607	X-RAY DIFFRACTION	68
1.5609-1.5842	0.2366	110	0.2112	4078	X-RAY DIFFRACTION	76
1.5842-1.609	0.2489	137	0.2201	4384	X-RAY DIFFRACTION	83
1.609-1.6353	0.2319	110	0.2162	4840	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6353-1.6635	0.2149	159	0.2111	5103	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6635-1.6938	0.2324	135	0.2163	5237	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6938-1.7263	0.2742	154	0.1982	5329	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7263-1.7616	0.2239	143	0.1954	5348	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7616-1.7999	0.2175	156	0.1868	5295	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7999-1.8417	0.1627	135	0.1783	5327	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8417-1.8878	0.1969	156	0.1757	5368	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8878-1.9388	0.1983	141	0.1702	5325	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9388-1.9958	0.1734	159	0.1609	5337	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9958-2.0602	0.1593	151	0.1617	5318	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0602-2.1339	0.1457	160	0.1614	5359	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1339-2.2193	0.1812	156	0.1682	5315	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2193-2.3202	0.1853	147	0.1617	5339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3202-2.4425	0.2018	143	0.1682	5324	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4425-2.5954	0.159	151	0.1644	5356	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5954-2.7956	0.1741	161	0.1686	5327	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7956-3.0766	0.1864	145	0.1701	5337	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0766-3.521	0.1795	145	0.1615	5346	X-RAY DIFFRACTION	100
3.521-4.433	0.1506	162	0.1493	5335	X-RAY DIFFRACTION	100
4.433-27.3316	0.1804	148	0.1796	5336	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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