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- PDB-6j9a: Crystal structure of Arabidopsis thaliana VAL1 in complex with FL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j9a
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana VAL1 in complex with FLC DNA fragment
要素
  • B3 domain-containing transcription repressor VAL1
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*G)-3')
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / flowering time regulation / DNA-binding / GENE REGULATION / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to sucrose / response to abscisic acid / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA-binding pseudobarrel domain / At1g16640 B3 domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA-binding domain profile. / B3 DNA binding domain / DNA-binding pseudobarrel domain superfamily / Zinc finger, CW-type / CW-type Zinc Finger / Zinc finger CW-type profile. ...DNA-binding pseudobarrel domain / At1g16640 B3 domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA-binding domain profile. / B3 DNA binding domain / DNA-binding pseudobarrel domain superfamily / Zinc finger, CW-type / CW-type Zinc Finger / Zinc finger CW-type profile. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / B3 domain-containing transcription repressor VAL1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.915 Å
データ登録者Hu, H. / Du, J.
引用ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2019
タイトル: Embryonic resetting of the parental vernalized state by two B3 domain transcription factors in Arabidopsis.
著者: Tao, Z. / Hu, H. / Luo, X. / Jia, B. / Du, J. / He, Y.
履歴
登録2019年1月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B3 domain-containing transcription repressor VAL1
B: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0093
ポリマ－24,0093
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.157, 59.157, 97.393
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 B3 domain-containing transcription repressor VAL1 / Protein HIGH-LEVEL EXPRESSION OF SUGAR-INDUCIBLE 2 / Protein VP1/ABI3-LIKE 1


分子量: 14832.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: VAL1, HSI2, At2g30470, T6B20.17 / プラスミド: pSumo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q8W4L5
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*G)-3') / FLC CME DNA


分子量: 4615.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*C)-3') / FLC CME DNA


分子量: 4562.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M LiCl, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 5228 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 1.072 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / CC1/2: 0.985 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.915→31.731 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 17.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2426 245 4.69 %
Rwork0.2044 --
obs0.2063 5228 70.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.915→31.731 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数826 607 0 0 1433
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011525
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1452190
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d31.373610
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079242
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014178
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9152-3.6720.3177620.24031478X-RAY DIFFRACTION42
3.672-31.73270.2191830.19073505X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5383-0.5442-0.00240.7749-0.47011.14520.0035-0.09480.11250.05880.09520.049-0.0479-0.17840.17180.03240.0355-0.00030.35890.04040.142215.008360.883746.8669
22.598-0.3497-0.95060.166-0.48193.4775-0.06050.0456-0.3179-0.1070.1276-0.05880.23610.31510.26310.1571-0.00930.13320.1256-0.0510.309213.315147.245747.2007
31.91650.8821-0.0220.4064-0.0290.7063-0.01170.03150.2858-0.04170.11730.2327-0.0702-0.12710.03690.1064-0.0716-0.02320.25370.04310.35222.126159.035240.8946
40.5837-0.38310.49210.7283-0.20070.4465-0.0166-0.0878-0.0477-0.0578-0.0198-0.00580.04640.0694-0.17720.01570.0130.08210.2451-0.03810.224814.177852.649141.1801
50.95390.6883-0.97951.4276-0.06421.4499-0.1318-0.20620.0410.16080.2174-0.25120.13270.4242-0.08330.2248-0.0479-0.05220.27320.00330.184316.130757.662641.7954
63.50661.0356-0.2444.5443-0.08482.52180.0243-0.15010.2408-0.09220.40720.0198-0.0863-0.282-0.25760.1080.0336-0.07360.1660.00060.22979.965867.466945.2142
70.24130.30270.20020.37980.25120.1660.0357-0.8688-0.17840.941-0.06280.38710.1971-0.37110.02280.76360.1727-0.03740.78670.25440.903-3.130354.109651.5336
83.39812.4495-0.29814.1991-0.61471.5106-0.19040.0020.0638-0.19960.1513-0.4501-0.0833-0.08930.00130.18710.14490.01640.2790.0320.3067.545668.097946.7448
90.2002-0.14860.61871.51930.09232.1210.07990.2096-0.1695-0.38760.1433-0.36140.12580.3322-0.03420.2017-0.05270.03760.6147-0.04610.224428.548758.102842.0117
100.94760.28460.58580.96120.03951.77960.08330.2493-0.286-0.13550.332-0.21910.22610.4814-0.29560.174-0.103-0.10590.6486-0.06160.228128.716756.128538.7136
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 291 through 319 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 320 through 329 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 330 through 340 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 341 through 351 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 352 through 369 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 370 through 381 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 382 through 387 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 388 through 396 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1 through 15 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 15 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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