[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6j9a: Crystal structure of Arabidopsis thaliana VAL1 in complex with FL... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6j9a | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Arabidopsis thaliana VAL1 in complex with FLC DNA fragment | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION/DNA / flowering time regulation / DNA-binding / GENE REGULATION / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information response to abscisic acid / response to sucrose / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.915 Å | ||||||
Authors | Hu, H. / Du, J. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Plants / Year: 2019 Title: Embryonic resetting of the parental vernalized state by two B3 domain transcription factors in Arabidopsis. Authors: Tao, Z. / Hu, H. / Luo, X. / Jia, B. / Du, J. / He, Y. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6j9a.cif.gz | 84.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6j9a.ent.gz | 66.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6j9a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6j9a_validation.pdf.gz | 432.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6j9a_full_validation.pdf.gz | 435.3 KB | Display | |
Data in XML | 6j9a_validation.xml.gz | 7.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6j9a_validation.cif.gz | 8.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/6j9a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/6j9a | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 14832.151 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: VAL1, HSI2, At2g30470, T6B20.17 / Plasmid: pSumo / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): RIL / References: UniProt: Q8W4L5 |
---|---|
#2: DNA chain | Mass: 4615.006 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#3: DNA chain | Mass: 4562.000 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.56 Å3/Da / Density % sol: 65.41 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2 M LiCl, 20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 12, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. obs: 5228 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 27.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3 Å / Redundancy: 14 % / Rmerge(I) obs: 1.072 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / CC1/2: 0.985 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.915→31.731 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / Phase error: 17.5 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.915→31.731 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|