PDB-6j98: Crystal structure of P8 from Lactobacillus rhamnosus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6j98

タイトル

Crystal structure of P8 from Lactobacillus rhamnosus

要素

P8

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Lactobacillus Rhamnosus / P8

機能・相同性

metal ion binding / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Lactobacillus rhamnosus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Cha, Y.J. / Cho, H.S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of P8 from Lactobacillus rhamnosus
著者: Cha, Y.J. / Cho, H.S.

履歴

登録	2019年1月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6j98.cif.gz	33.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6j98.ent.gz	20.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6j98.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/6j98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/6j98	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2lgx-d 4yk2-1 1pzw-d 1o6x-d 6yj0-d 5fm4-3 2ltp-d 1h0z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: P8

ヘテロ分子

9.67 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.860, 40.860, 107.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-103- ZN
2	1	A-234- HOH

#1: タンパク質	P8 分子量: 9188.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus rhamnosus (バクテリア) 遺伝子: B4Q13_10920, BGK71_11245, CCE29_09795, DBP98_10520, PY66_06245, PY91_09235 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E3CPJ0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 0.05M Zinc Acetate dihydrate, 20% PEG3350, 5% n-dodecyl-N, N-dimethylamine-N-oxide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 0.9738 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9738 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→38.17 Å / Num. obs: 12894 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 20 % / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 4.95
反射シェル	解像度: 1.56→1.601 Å / R_merge(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 925 / R_pim(I) all: 0.18 / % possible all: 98.98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.56→38.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 1.264 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19622	697	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17762	-	-	-
obs	0.17862	12894	99.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.651 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.63 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.56→38.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	607	0	15	77	699

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	626
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	588
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.781	1.672	840
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.586	1.599	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.709	5	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.153	25.484	31
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.293	15	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.23	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	668
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	110
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.648	1.507	299
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.6	1.499	298
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.388	2.252	372
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.392	2.259	373
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.628	1.771	327
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.624	1.774	328
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.718	2.541	469
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.6	19.057	724
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.536	18.723	714
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.56→1.601 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	49	-
R_work	0.21	925	-
obs	-	-	98.98 %

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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