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- PDB-6j90: Crystal Structure of GyraseB N-Terminal Domain complex with ATP f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j90
タイトルCrystal Structure of GyraseB N-Terminal Domain complex with ATP from Salmonella Typhi at 2.2A Resolution
要素DNA gyrase subunit B
キーワードISOMERASE / Topoisomerase / ATPase protein / GyrB-NTD
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / GyrB, hook / DNA gyrase subunit B insert domain / DNA gyrase B subunit insert domain / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus ...: / GyrB, hook / DNA gyrase subunit B insert domain / DNA gyrase B subunit insert domain / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA gyrase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhi (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kaur, G. / Sachdeva, E. / Tiwari, P. / Gupta, D. / Ethayathulla, A.S. / Kaur, P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of GyraseB N-Terminal Domain complex with ATP from Salmonella Typhi at 2.2A Resolution
著者: Kaur, G. / Sachdeva, E. / Tiwari, P. / Gupta, D. / Ethayathulla, A.S. / Kaur, P.
履歴
登録2019年1月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年1月29日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2878
ポリマ－44,2421
非ポリマー1,0457
水6,035335
1
A: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子

A: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,57416
ポリマ－88,4832
非ポリマー2,09014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area10330 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area30860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.112, 140.545, 79.105
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-893-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B / GyraseB


分子量: 44241.742 Da / 分子数: 1 / 断片: N Terminal Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhi (サルモネラ菌)
遺伝子: gyrB, STY3943, t3684 / プラスミド: pET 28(a) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A2I4, EC: 5.99.1.3

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非ポリマー , 5種, 342分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Lithium chloride 0.05M Bis Tris 12% PEG MME

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→39.58 Å / Num. obs: 24907 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.76 % / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.103 / Rrim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2130 / CC1/2: 0.795 / Rpim(I) all: 0.621 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EI1

1ei1


解像度: 2.2→39.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 6.814 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.185 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21666 1249 5 %RANDOM
Rwork0.17442 ---
obs0.17661 23623 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.489 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.14 Å2-0 Å2-0 Å2
2--3.33 Å2-0 Å2
3----1.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→39.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3008 0 65 335 3408
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0133123
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172884
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5331.6424213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3471.5836690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2775389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.39322.331163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.3315530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7211521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02640
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2983.0821559
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2993.0811558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4994.6171947
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4984.6181948
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0333.3481564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0333.3491565
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6974.8692267
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.5458.35913346
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.5458.3613347
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 78 -
Rwork0.339 1724 -
obs--98.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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