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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j7u | ||||||
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タイトル | Crystal structure of blue fluorescent protein from metagenomic library in complex with NADPH | ||||||
![]() | Blue fluorescent protein | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / DEHYDROGENASE / BFP | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring) / 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring) activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seo, P.W. / Kim, J.S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-Guided Generation of a Redox-Independent Blue Fluorescent Protein from mBFP. 著者: Seo, P.W. / Jo, E.S. / You, S.H. / Cheong, D.E. / Kim, G.J. / Kim, J.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 375.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 307.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26882.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: D6NKF4, 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring) #2: 化合物 | ChemComp-NDP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.81 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.1M BICINE pH 9.0, 0.3M Magnesium nitrate, 22% w/v PEG 2000, 4% v/v MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 40297 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.4 % / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / Num. unique obs: 1987 / Rpim(I) all: 0.296 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3V2G 解像度: 2.302→19.777 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.81
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.302→19.777 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 14.3715 Å / Origin y: 0.0367 Å / Origin z: -19.5246 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |