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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j6v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of heat shock factor 4-DBD | ||||||
要素 | Heat shock factor protein 4熱ショック因子 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / transcriptional factor (転写因子) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / 細胞生物学 / lens fiber cell differentiation / 視覚 / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of cell differentiation / sequence-specific double-stranded DNA binding / protein phosphatase binding / transcription by RNA polymerase II ...: / 細胞生物学 / lens fiber cell differentiation / 視覚 / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of cell differentiation / sequence-specific double-stranded DNA binding / protein phosphatase binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Guo, L. / Xiao, Z.Y. / Wang, S. / Liu, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of heat shock factor 4-DBD at 1.20 Angstroms resolution. 著者: Guo, L. / Xiao, Z.Y. / Wang, S. / Liu, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6j6v.cif.gz | 59.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6j6v.ent.gz | 42.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6j6v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/6j6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/6j6v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12187.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSF4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ULV5 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.82 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: sodium nitrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→38.98 Å / Num. obs: 36700 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.3 % / Net I/σ(I): 49.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.22 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→38.979 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 13.23
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→38.979 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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