+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j49 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Grafting VLADV sequence into OspAsm1 | |||||||||
![]() | Outer surface protein A | |||||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / beta-sheet / DE NOVO PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Makabe, K. / Hori, Y. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Grafting a short chameleon sequence from alpha B crystallin into a beta-sheet scaffold protein. 著者: Hori, Y. / Fujiwara, H. / Fujiwara, W. / Makabe, K. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 47.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26359.568 Da / 分子数: 1 変異: E37S,E45S,K46S,K48A,K60A,K64S,K83A,E104S,K107S,S120V,S121L,T122A,E123D,E124V,E196A,K239S,E240S,K254S 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680 / 遺伝子: ospA, BB_A15 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 / 詳細: 34% PEG 400, 0.1M Tris pH 8.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 30305 / % possible obs: 97.83 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 25.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.624 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique obs: 1482 / % possible all: 96.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2G8C 解像度: 1.6→19.886 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.77
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.886 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|