PDB-6j3i: Structure of LmbA2991T421A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6j3i

タイトル

Structure of LmbA2991T421A

要素

Gamma-glutamyltranspeptidase

キーワード

TRANSFERASE / LmbA2991 / GGT2991 / LmbA-like glutamyltranspeptidase homologues

機能・相同性

: / Gamma-glutamyltranspeptidase / Gamma-glutamyltranspeptidase, large subunit, C-terminal domain / Gamma-glutamyltranspeptidase, small subunit / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / Gamma-glutamyltranspeptidase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces lincolnensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Song, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of LmbA2991T421A
著者: Song, Y.

履歴

登録	2019年1月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月29日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6j3i.cif.gz	221.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6j3i.ent.gz	175.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6j3i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6j3i_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6j3i_full_validation.pdf.gz	456.8 KB	表示
XML形式データ	6j3i_validation.xml.gz	39.9 KB	表示
CIF形式データ	6j3i_validation.cif.gz	56.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/6j3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/6j3i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nlzS 6j3a S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3oa5-1 1suo-d 4rwn-d 4wnu-4 3ebs-3 6s3o-d 2fdw-1 3m4v-2 7kvi-d 6k24-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gamma-glutamyltranspeptidase

B: Gamma-glutamyltranspeptidase

130 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Gamma-glutamyltranspeptidase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
65.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Gamma-glutamyltranspeptidase

登録者が定義した集合体
65.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.352, 113.209, 116.756
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Gamma-glutamyltranspeptidase 分子量: 65123.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces lincolnensis (バクテリア) 遺伝子: SLCG_6815, SLINC_6827 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: A0A1B1MKD3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.16 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.0, 28%(w/v) Polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 45004 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2NLZ

2nlz

解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 10.689 / SU ML: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.585 / ESU R Free: 0.294 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25507	2261	5 %	RANDOM
R_work	0.21386	-	-	-
obs	0.21592	42570	99.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.672 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.74 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.98 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8595	0	0	154	8749

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	8823
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	8061
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.419	1.955	12075
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.014	3	18566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.77	5	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.807	22.62	355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.48	15	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.579	15	75
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	10123
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1848
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.746	2.507	4652
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.746	2.507	4651
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.305	3.757	5808
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.305	3.757	5809
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.657	2.544	4171
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.657	2.544	4172
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.15	3.782	6268
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.502	29.35	9755
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.495	29.348	9749
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.498→2.563 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	155	-
R_work	0.27	3103	-
obs	-	-	99.24 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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