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- PDB-6j1l: Crystal Structure Analysis of the ROR gamma(C455E) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j1l
タイトルCrystal Structure Analysis of the ROR gamma(C455E)
要素Nuclear receptor ROR-gamma
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ROR gamma / LBD / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / T-helper cell differentiation / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / negative regulation of thymocyte apoptotic process ...T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / T-helper cell differentiation / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of fat cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / lymph node development / adipose tissue development / xenobiotic metabolic process / circadian regulation of gene expression / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B6L / Nuclear receptor ROR-gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者zhang, Y. / Li, C.C. / wu, X.S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery and Characterization of XY101, a Potent, Selective, and Orally Bioavailable ROR gamma Inverse Agonist for Treatment of Castration-Resistant Prostate Cancer.
著者: Zhang, Y. / Wu, X. / Xue, X. / Li, C. / Wang, J. / Wang, R. / Zhang, C. / Wang, C. / Shi, Y. / Zou, L. / Li, Q. / Huang, Z. / Hao, X. / Loomes, K. / Wu, D. / Chen, H.W. / Xu, J. / Xu, Y.
履歴
登録2018年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年8月28日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor ROR-gamma
B: Nuclear receptor ROR-gamma
C: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0776
ポリマ－93,3873
非ポリマー1,6903
水1,27971
1
A: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6922
ポリマ－31,1291
非ポリマー5631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6922
ポリマ－31,1291
非ポリマー5631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6922
ポリマ－31,1291
非ポリマー5631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.140, 110.140, 114.231
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 266 through 480 or (resid 481...
21(chain B and resid 266 through 483)
31(chain C and (resid 266 through 480 or (resid 481...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERVALVAL(chain A and (resid 266 through 480 or (resid 481...AA266 - 48026 - 240
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 266 through 480 or (resid 481...AA481241
21SERSERLEULEU(chain B and resid 266 through 483)BB266 - 48326 - 243
31SERSERVALVAL(chain C and (resid 266 through 480 or (resid 481...CC266 - 48026 - 240
32GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 266 through 480 or (resid 481...CC481241
33ALAALALEULEU(chain C and (resid 266 through 480 or (resid 481...CC265 - 48325 - 243
34ALAALALEULEU(chain C and (resid 266 through 480 or (resid 481...CC265 - 48325 - 243
35ALAALALEULEU(chain C and (resid 266 through 480 or (resid 481...CC265 - 48325 - 243
36ALAALALEULEU(chain C and (resid 266 through 480 or (resid 481...CC265 - 48325 - 243

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan receptor C / Retinoid-related orphan receptor-gamma


分子量: 31128.926 Da / 分子数: 3 / 変異: C455E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P51449
#2: 化合物 ChemComp-B6L / 2-[4-(ethylsulfonyl)phenyl]-N-[2'-fluoro-4'-(1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-hydroxypropan-2-yl)[1,1'-biphenyl]-4-yl]acetamide


分子量: 563.484 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H20F7NO4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG8000, 0.2M (NH4)2SO4,0.1M BisTris, PH7.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.61 Å / Num. obs: 34962 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 13.2 / Num. measured all: 659690 / Scaling rejects: 2345
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.3-2.3818.62.06733890.5550.492.125100
8.91-49.6116.20.02863410.0070.02999.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
Aimless0.7.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AYG

5ayg


解像度: 2.3→49.606 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 25.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2259 2547 7.3 %
Rwork0.2016 --
obs0.2035 34911 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 186.11 Å2 / Biso mean: 70.5153 Å2 / Biso min: 30.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→49.606 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5424 0 114 71 5609
Biso mean--57.8 56.53 -
残基数----663
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3131X-RAY DIFFRACTION14.876TORSIONAL
12B3131X-RAY DIFFRACTION14.876TORSIONAL
13C3131X-RAY DIFFRACTION14.876TORSIONAL
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 --
Rwork0.205 --
obs-3389 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.691.08671.30452.4540.83912.3382-0.06040.00340.4223-0.07350.1126-0.2041-0.43920.1857-0.05220.7606-0.01020.1680.6317-0.07240.709841.918416.8692.2109
21.06790.7440.43931.80081.33621.18490.06360.27370.0541-0.42720.1561-0.3369-0.33910.1095-0.21970.4985-0.02110.09550.4889-0.04210.428927.7445-6.1457-5.6293
32.5374-0.2326-1.76840.28340.0821.87960.04860.14760.2041-0.3129-0.0556-0.4423-0.1630.21390.00710.6399-0.10370.18540.6359-0.070.728645.36263.2132-6.3053
40.81260.40290.39050.59150.0120.42350.22510.0809-0.02320.0320.0731-0.3284-0.08870.2457-0.29820.5356-0.05410.10530.5826-0.10690.618740.9946-0.86954.6812
51.2136-1.0377-0.22281.4019-1.05793.070.04420.2715-0.0847-0.34560.0681-0.00260.1991-0.0238-0.11230.89270.01260.0760.8597-0.09731.100544.3722-12.4231-4.9476
61.8837-0.1569-0.05131.80220.22531.8249-0.03250.0668-0.3288-0.0279-0.0429-0.05120.4215-0.0070.07540.80320.0153-0.11860.5450.05070.696628.1711-35.397925.5457
70.8592-0.69810.21941.75750.18681.35770.015-0.1409-0.1251-0.0320.14250.21950.1354-0.2558-0.15740.47450.0075-0.06840.50750.01710.469622.6693-4.101829.5101
80.86960.38870.12273.7971.03771.0494-0.0014-0.3316-0.11470.36850.11590.10320.29940.0368-0.11450.56310.0279-0.09950.61310.06960.470332.2834-13.208639.1686
92.3252-0.98861.4142.1747-1.16172.12740.0274-0.4732-0.31980.310.0043-0.23810.36770.0781-0.03170.70380.031-0.14830.66440.08080.628837.9138-25.402234.7186
101.6118-0.39540.22482.41460.72274.51920.0361-0.01710.1059-0.20240.0628-0.09090.120.1044-0.09890.4590.0178-0.07120.437-0.00490.432826.417-5.154225.0526
114.75840.50891.73763.5839-0.01824.73410.0148-0.0620.2264-0.09530.0683-0.20230.03410.1841-0.08310.4720.0476-0.01840.5415-0.04910.529535.32242.371130.5852
120.69860.0252-0.66453.0539-0.32840.66240.0761-0.0779-0.0705-0.03720.2059-0.04750.08910.0668-0.2820.5320.0429-0.06760.4809-0.03030.56235.1375-15.969422.5792
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143.24061.68630.16743.16370.7132.387-0.10350.3651-0.1534-0.04940.1903-0.2510.09540.2371-0.08680.7490.0033-0.03790.5617-0.08030.614237.4624-24.006614.0279
151.2001-0.0013-0.32183.33284.2526.61950.0835-0.0189-0.08070.09580.1571-0.17670.09520.3965-0.24060.59930.0198-0.07040.6571-0.01880.8344.3245-10.266634.1086
161.6441-0.51590.07851.3960.15791.1097-0.0632-0.02730.4151-0.1054-0.1768-0.1596-0.07230.31990.240.8154-0.1122-0.01390.94990.19790.996680.728322.363512.1293
172.0691.4611-1.08922.254-1.28041.45570.03780.0376-0.2078-0.00880.0474-0.20410.30990.0903-0.08520.86160.0645-0.00170.83050.13820.9286.7532-8.926118.8035
181.3466-1.29210.33335.0124-0.97941.73720.0627-0.1762-0.00340.19770.14680.18890.0407-0.0811-0.20960.95720.01190.03680.80010.13150.761575.48246.235725.2116
192.4946-0.227-1.00441.20180.40911.6548-0.1129-0.24170.12950.15110.01280.075-0.0583-0.1230.10.86390.01370.08460.70920.04390.82767.844217.986819.8462
200.5631-0.12330.15110.9383-0.29730.53380.03820.15260.148-0.14110.04070.2395-0.0486-0.0704-0.07890.7948-0.02490.05810.81670.09620.824971.612812.40478.8553
210.0764-0.42570.56032.3707-3.12074.10810.023-0.03890.15790.20480.11750.1134-0.0983-0.0989-0.14041.0798-0.20070.11111.59710.00061.273863.18883.749915.3434
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
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3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 338 through 368 )A338 - 368
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 369 through 468 )A369 - 468
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11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 385 through 393 )B385 - 393
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17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 298 through 312 )C298 - 312
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 313 through 336 )C313 - 336
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 337 through 368 )C337 - 368
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 369 through 468 )C369 - 468
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 469 through 483 )C469 - 483

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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