PDB-6j1h: Crystal structure of HypX from Aquifex aeolicus, Q15A-R131A-S194A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6j1h

タイトル

Crystal structure of HypX from Aquifex aeolicus, Q15A-R131A-S194A-Q195A-N306A-R542A variant

要素

Hydrogenase regulation HoxX

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Hydrogenase / maturation / carbon monoxide

機能・相同性

機能・相同性情報

biosynthetic process / catalytic activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.101 Å

データ登録者

Muraki, N. / Aono, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Structural characterization of HypX responsible for CO biosynthesis in the maturation of NiFe-hydrogenase.
著者: Muraki, N. / Ishii, K. / Uchiyama, S. / Itoh, S.G. / Okumura, H. / Aono, S.

履歴

登録	2018年12月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6j1h.cif.gz	463.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6j1h.ent.gz	381.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6j1h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6j1h_validation.pdf.gz	458 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6j1h_full_validation.pdf.gz	471.2 KB	表示
XML形式データ	6j1h_validation.xml.gz	39.3 KB	表示
CIF形式データ	6j1h_validation.cif.gz	54.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/6j1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/6j1h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6j0pSC 6j1eC 6j1fC 6j1gC 6j1iC 6j1jC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6j1g-d 6j1e-d 6j0p-1 4mj2-2 1e6e-1 6j0p-2 4yzz-d 6j1f-2 6j1f-1 6j1i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hydrogenase regulation HoxX

B: Hydrogenase regulation HoxX

ヘテロ分子

135 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hydrogenase regulation HoxX

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
67.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Hydrogenase regulation HoxX

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.915, 124.409, 290.561
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Hydrogenase regulation HoxX 分子量: 67421.086 Da / 分子数: 2 / 変異: Q15A, R131A, S194A, Q195A,N306A, R542A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア) 株: VF5 / 遺伝子: hoxX, aq_1156 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O67224
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 12% PEG3350, HEPES-NaOH, Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 84408 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 44.14 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 17.09
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.84 / Num. unique obs: 8263 / CC_1/2: 0.936 / R_pim(I) all: 0.35 / R_rim(I) all: 0.91 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6J0P

6j0p

解像度: 2.101→47.248 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2353	3845	2.37 %	Random selection
R_work	0.2002	-	-	-
obs	0.2011	84393	99.34 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.101→47.248 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9090	0	12	76	9178

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9398
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.796	12706
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.263	5638
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1339
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1636

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1007-2.1273	0.3615	135	0.3469	5429	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1273-2.1553	0.3327	143	0.3204	5954	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1553-2.1848	0.3528	140	0.3079	5901	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1848-2.216	0.3477	145	0.2928	5895	X-RAY DIFFRACTION	100
2.216-2.2491	0.3945	142	0.2815	5879	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2491-2.2842	0.2639	143	0.2654	5903	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2842-2.3217	0.2901	141	0.2503	5828	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3217-2.3617	0.2602	147	0.2333	5901	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3617-2.4046	0.2253	142	0.2244	5893	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4046-2.4509	0.2652	141	0.2234	5918	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4509-2.5009	0.2293	143	0.2281	5876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5009-2.5553	0.2745	143	0.2204	5924	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5553-2.6147	0.2606	141	0.2207	5859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6147-2.6801	0.2924	144	0.2316	5898	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6801-2.7526	0.2912	146	0.2259	5941	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7526-2.8335	0.2994	141	0.2295	5913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8335-2.925	0.2744	142	0.2309	5807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.925-3.0295	0.2417	142	0.2272	5899	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0295-3.1508	0.2643	146	0.2312	5826	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1508-3.2941	0.302	141	0.2346	5865	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2941-3.4678	0.2557	144	0.21	5842	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4678-3.685	0.2167	142	0.1954	5897	X-RAY DIFFRACTION	100
3.685-3.9693	0.2153	144	0.1767	5836	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9693-4.3685	0.1822	138	0.1576	5893	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3685-5.0001	0.1873	142	0.146	5873	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0001-6.2972	0.2056	146	0.1775	5768	X-RAY DIFFRACTION	98
6.2972-47.2599	0.1914	141	0.1693	5843	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0102	0.0067	-0.206	0.9109	0.0909	0.6607	-0.0359	0.149	-0.0219	-0.0973	0.0156	0.0252	-0.0446	-0.0475	0.0198	0.2983	-0.0151	-0.0082	0.3269	-0.0382	0.2782	-14.8559	-18.7169	20.7431
2	1.8393	0.2582	-0.0899	2.3867	-0.0465	0.8516	0.0462	-0.479	0.0277	0.5552	-0.1507	-0.0313	-0.0577	0.0526	0.0963	0.4264	-0.0261	-0.0061	0.4961	0.0043	0.2867	21.0574	-11.2095	56.8149

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid -1 through 562)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid -1 through 561)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)