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万見
- PDB-6j1b: Photoswitchable fluorescent protein Gamillus, N150C/T204V double ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j1b
タイトルPhotoswitchable fluorescent protein Gamillus, N150C/T204V double mutant, on-state
要素Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / acid-tolerant / photoswitchable / N150C/T204V double mutant / trans-chromophore
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Olindias (無脊椎動物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Nakashima, R. / Shinoda, H. / Matsuda, T. / Nagai, T.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019
タイトル: Acid-Tolerant Reversibly Switchable Green Fluorescent Protein for Super-resolution Imaging under Acidic Conditions.
著者: Shinoda, H. / Lu, K. / Nakashima, R. / Wazawa, T. / Noguchi, K. / Matsuda, T. / Nagai, T.
履歴
登録2018年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6555
ポリマ－30,3971
非ポリマー2584
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.492, 161.492, 161.492
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 30397.307 Da / 分子数: 1 / 変異: N150C, T204V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Olindias (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2Z5X7U3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Residues 150CYS and 204VAL represent mutations (N150C/T204V).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: mmonium phosphate, sodium citrate, sodium chloride, HEPES, pH5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→46.619 Å / Num. obs: 47626 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.402 % / Biso Wilson estimate: 26.014 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 27.64 / Num. measured all: 685896
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.99-2.1213.780.2548.75105459765476530.9860.264100
2.12-2.2614.5730.18113.12104459716871680.9940.188100
2.26-2.4414.6560.13917.3798283670667060.9960.144100
2.44-2.6714.6880.10822.9990490616161610.9980.111100
2.67-2.9914.6430.08230.9681871559155910.9980.085100
2.99-3.4514.4370.06141.571464495049500.9990.063100
3.45-4.2214.2560.04851.8260102421642160.9990.05100
4.22-5.9414.3150.0458.1446923327832780.9990.041100
5.94-46.61914.1070.03257.62268451909190310.03499.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Y00

5y00


解像度: 1.99→46.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.39 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1602 2382 5 %RANDOM
Rwork0.1427 ---
obs0.1435 45244 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.64 Å2 / Biso mean: 22.005 Å2 / Biso min: 10.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→46.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1811 0 483 218 2512
Biso mean--21.02 30.19 -
残基数----168
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.0191876
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7091.9642540
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.21434034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1965229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.15624.2580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.13615309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.563157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1690.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.0212093
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02430
LS精密化 シェル解像度: 1.995→2.047 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 176 -
Rwork0.195 3330 -
all-3506 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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