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- PDB-6j0p: Crystal structure of HypX from Aquifex aeolicus (Crystal Form I) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j0p
タイトルCrystal structure of HypX from Aquifex aeolicus (Crystal Form I)
要素Hydrogenase regulation HoxX
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Hydrogenase / maturation / carbon monoxide
機能・相同性
機能・相同性情報


biosynthetic process / catalytic activity
類似検索 - 分子機能
[NiFe]-hydrogenase maturation factor, HypX/HoxX type / : / Formyl transferase, C-terminal / Formyl transferase, C-terminal domain / Formyl transferase-like, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. ...[NiFe]-hydrogenase maturation factor, HypX/HoxX type / : / Formyl transferase, C-terminal / Formyl transferase, C-terminal domain / Formyl transferase-like, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / ClpP/crotonase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Hydrogenase regulation HoxX
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Muraki, N. / Aono, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science17H03093 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Structural characterization of HypX responsible for CO biosynthesis in the maturation of NiFe-hydrogenase.
著者: Muraki, N. / Ishii, K. / Uchiyama, S. / Itoh, S.G. / Okumura, H. / Aono, S.
履歴
登録2018年12月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrogenase regulation HoxX
B: Hydrogenase regulation HoxX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,2526
ポリマ－135,5332
非ポリマー1,7194
水7,062392
1
A: Hydrogenase regulation HoxX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6263
ポリマ－67,7661
非ポリマー8602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area24300 Å2
手法PISA
2
B: Hydrogenase regulation HoxX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6263
ポリマ－67,7661
非ポリマー8602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area24140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.840, 124.300, 290.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Hydrogenase regulation HoxX / HypX


分子量: 67766.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs.
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: hoxX, aq_1156 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O67224
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, HEPES-NaOH / PH範囲: 7.0 - 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→42.47 Å / Num. obs: 134916 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 28.65 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 16.77
反射 シェル解像度: 1.79→1.86 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 1.094 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 11960 / CC1/2: 0.677 / Rpim(I) all: 0.4255 / Rrim(I) all: 1.175 / % possible all: 89.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.79→42.47 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.23 / 位相誤差: 19.48
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 6685 5 %Random selection
Rwork0.173 ---
obs0.1739 133690 98.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→42.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9174 0 108 392 9674
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079666
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81313085
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7765790
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051675
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7932-1.81350.51592880.4725452X-RAY DIFFRACTION65
1.8135-1.83490.33484310.34078238X-RAY DIFFRACTION100
1.8349-1.85730.33484380.30988355X-RAY DIFFRACTION100
1.8573-1.88080.29534360.27128279X-RAY DIFFRACTION100
1.8808-1.90550.30164340.24438309X-RAY DIFFRACTION100
1.9055-1.93160.26924360.21978277X-RAY DIFFRACTION100
1.9316-1.95920.2194440.19998295X-RAY DIFFRACTION100
1.9592-1.98850.24384400.19138360X-RAY DIFFRACTION100
1.9885-2.01950.22524330.19278202X-RAY DIFFRACTION100
2.0195-2.05260.20854480.19568421X-RAY DIFFRACTION100
2.0526-2.0880.20444210.1988197X-RAY DIFFRACTION100
2.088-2.1260.21224340.19658329X-RAY DIFFRACTION100
2.126-2.16690.20874410.17758367X-RAY DIFFRACTION100
2.1669-2.21110.20584350.17648244X-RAY DIFFRACTION100
2.2111-2.25920.22114410.17798301X-RAY DIFFRACTION100
2.2592-2.31180.19364280.17618308X-RAY DIFFRACTION100
2.3118-2.36960.2224380.17038298X-RAY DIFFRACTION100
2.3696-2.43360.19574330.1768302X-RAY DIFFRACTION100
2.4336-2.50520.20544340.17448323X-RAY DIFFRACTION100
2.5052-2.58610.18624380.17388306X-RAY DIFFRACTION100
2.5861-2.67850.1994310.17188299X-RAY DIFFRACTION100
2.6785-2.78580.21534360.17258249X-RAY DIFFRACTION100
2.7858-2.91250.21284410.1798296X-RAY DIFFRACTION100
2.9125-3.06610.19624430.17118389X-RAY DIFFRACTION100
3.0661-3.25810.18554370.1728264X-RAY DIFFRACTION100
3.2581-3.50960.19074460.1588314X-RAY DIFFRACTION100
3.5096-3.86270.16434380.1528290X-RAY DIFFRACTION100
3.8627-4.42130.15844340.14118283X-RAY DIFFRACTION100
4.4213-5.5690.15114310.1438275X-RAY DIFFRACTION100
5.569-42.470.19784310.17288105X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.70260.0953-0.11080.73650.060.6421-0.04490.04450.0479-0.07270.03730.007-0.049-0.00580.02820.1521-0.0019-0.01360.15-0.0130.1779-15.0171-18.628120.6595
21.14430.00810.00261.02820.10980.71510.0075-0.2192-0.04770.2554-0.06140.0057-0.0122-0.01770.02540.2323-0.0151-0.00570.24770.0130.195420.8516-11.018456.9513
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid -1 through 562)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid -1 through 561)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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