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- PDB-6j03: Crystal structure of a cyclase mutant in apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j03
タイトルCrystal structure of a cyclase mutant in apo form
要素12-epi-hapalindole U synthase
キーワードTRANSFERASE / prenyltransferase / mutation
機能・相同性: / HpiC1 cyclase / metal ion binding / Chem-0HZ / 12-epi-hapalindole U synthase
機能・相同性情報
生物種Fischerella ambigua UTEX 1903 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Tang, X.K. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Rsc Adv / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the calcium dependence of Stig cyclases.
著者: Tang, X.K. / Xue, J. / Yang, Y.Y. / Ko, T.P. / Chen, C.Y. / Dai, L.H. / Guo, R.T. / Zhang, Y.H. / Chen, C.C.
履歴
登録2018年12月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 12-epi-hapalindole U synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0383
ポリマ－21,7441
非ポリマー2942
水5,963331
1
A: 12-epi-hapalindole U synthase
ヘテロ分子

A: 12-epi-hapalindole U synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0776
ポリマ－43,4882
非ポリマー5894
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_767-x+2,-x+y+1,-z+7/31
Buried area1700 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area16790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.779, 54.779, 152.416
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 12-epi-hapalindole U synthase / AmbU4


分子量: 21744.029 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 35-234 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fischerella ambigua UTEX 1903 (バクテリア)
プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: V5TER4
#2: 化合物 ChemComp-0HZ / amino({3-[(3S,8aS)-1,4-dioxooctahydropyrrolo[1,2-a]pyrazin-3-yl]propyl}amino)methaniminium / CI-4 / [cyclo-(l-Arg-d-Pro)]


タイプ: peptide-like / 分子量: 254.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H20N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.49 % / Mosaicity: 0.208 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG3350, Tryptone, 0.1 M HEPES pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月30日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→25 Å / Num. obs: 44964 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.043 / Χ2: 0.795 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 168760
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.48-1.5330.243140.9380.1330.2420.46398.2
1.53-1.593.90.16443920.9760.0940.190.46899.3
1.59-1.673.90.13144560.9840.0760.1520.51499.5
1.67-1.753.90.09444600.9910.0540.1090.57499.6
1.75-1.863.90.06844380.9950.0390.0780.65999.8
1.86-2.013.90.04844740.9970.0280.0550.80499.8
2.01-2.213.90.03845170.9980.0220.0440.74999.9
2.21-2.533.90.0445260.9970.0240.0471.069100
2.53-3.193.80.05145900.9940.030.061.28799.9
3.19-253.60.02247970.9990.0140.0261.25699.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YVK

5yvk


解像度: 1.48→24.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 1.527 / SU ML: 0.026 / SU R Cruickshank DPI: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.045
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1403 2170 4.8 %RANDOM
Rwork0.1085 ---
obs0.11 42745 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 117.8 Å2 / Biso mean: 18.962 Å2 / Biso min: 10.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20.08 Å20 Å2
2--0.16 Å2-0 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.48→24.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1536 0 19 331 1886
Biso mean--14.14 35.27 -
残基数----200
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0131629
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0171446
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4411.6692240
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3361.593381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2915215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.7124.4379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.92615242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.905155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0210.021868
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.02333
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.64333075
LS精密化 シェル解像度: 1.481→1.519 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.183 130 -
Rwork0.158 3035 -
all-3165 -
obs--97.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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