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万見
- PDB-6iyx: Crystal Structure Analysis of a Eukaryotic Membrane Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iyx
タイトルCrystal Structure Analysis of a Eukaryotic Membrane Protein
要素Trimeric intracellular cation channel type A
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRIC / cation channel
機能・相同性TRIC channel / TRIC channel / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / potassium channel activity / sarcoplasmic reticulum membrane / nuclear membrane / identical protein binding / BROMIDE ION / Trimeric intracellular cation channel type A
機能・相同性情報
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zeng, Y. / Wang, X.H. / Gao, F. / Su, M. / Chen, Y.H.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0500503 中国
Ministry of Science and Technology (China)2015CB910102 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Structural basis for activity of TRIC counter-ion channels in calcium release.
著者: Wang, X.H. / Su, M. / Gao, F. / Xie, W. / Zeng, Y. / Li, D.L. / Liu, X.L. / Zhao, H. / Qin, L. / Li, F. / Liu, Q. / Clarke, O.B. / Lam, S.M. / Shui, G.H. / Hendrickson, W.A. / Chen, Y.H.
履歴
登録2018年12月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trimeric intracellular cation channel type A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4778
ポリマ－36,9581
非ポリマー5207
水1,892105
1
A: Trimeric intracellular cation channel type A
ヘテロ分子

A: Trimeric intracellular cation channel type A
ヘテロ分子

A: Trimeric intracellular cation channel type A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,43124
ポリマ－110,8733
非ポリマー1,55921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area8220 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area29140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.723, 126.723, 102.041
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-407-

CA

21A-521-

HOH

31A-554-

HOH

41A-555-

HOH

51A-602-

HOH

61A-603-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Trimeric intracellular cation channel type A / TRICA / Transmembrane protein 38A


分子量: 36957.551 Da / 分子数: 1 / 変異: C245S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TMEM38A, RCJMB04_13f15 / 発現宿主: Schizosaccharomyces (菌類) / 参照: UniProt: Q5ZK43
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.56 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEGMME2K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→46.27 Å / Num. obs: 43142 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 33.9 % / Biso Wilson estimate: 40.59 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 30.5 / Num. measured all: 1462867 / Scaling rejects: 17
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.8-1.8422.54.63218190.3070.9554.73870.2
9-46.27280.0284450.9990.0050.02899.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14rc2_3191精密化
Aimless0.5.28データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
精密化解像度: 1.8→46.265 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2123 2199 5.11 %
Rwork0.2021 --
obs0.2026 43055 95.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 194.38 Å2 / Biso mean: 50.4705 Å2 / Biso min: 22.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→46.265 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1810 0 7 105 1922
Biso mean--91.9 56.62 -
残基数----226
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8002-1.83930.4069860.40021812189868
1.8393-1.88210.3455950.34551972206775
1.8821-1.92920.32571160.30612247236385
1.9292-1.98130.24011420.25142555269797
1.9813-2.03960.21061480.21072604275299
2.0396-2.10550.18431410.190926392780100
2.1055-2.18070.19691590.1826232782100
2.1807-2.2680.17781420.17526572799100
2.268-2.37130.18271370.177526422779100
2.3713-2.49630.19981480.167526662814100
2.4963-2.65270.19881550.171926612816100
2.6527-2.85740.16611470.159226772824100
2.8574-3.14490.18161500.179226842834100
3.1449-3.59990.18451550.180227172872100
3.5999-4.53480.21371490.195127592908100
4.5348-46.28050.26721290.245229413070100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 44.8591 Å / Origin y: 29.3377 Å / Origin z: 43.8898 Å
111213212223313233
T0.2947 Å2-0.0284 Å20.0844 Å2-0.3629 Å20.0081 Å2--0.3971 Å2
L1.8131 °2-0.3812 °2-0.4232 °2-1.4185 °20.0648 °2--1.2372 °2
S-0.0793 Å °-0.1583 Å °-0.215 Å °0.1908 Å °-0.0391 Å °0.3649 Å °0.1309 Å °-0.2744 Å °0.1247 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA7 - 232
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 125
3X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 6
4X-RAY DIFFRACTION1allC1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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