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- PDB-6iy1: Structure of human Ras-related protein Rab11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iy1
タイトルStructure of human Ras-related protein Rab11
要素(Ras-related protein Rab-11A) x 3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Complex / transport / GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / synaptic vesicle endosomal processing / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / establishment of protein localization to organelle / postsynaptic recycling endosome / positive regulation of mitotic cytokinetic process / plasma membrane to endosome transport / establishment of vesicle localization ...regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / synaptic vesicle endosomal processing / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / establishment of protein localization to organelle / postsynaptic recycling endosome / positive regulation of mitotic cytokinetic process / plasma membrane to endosome transport / establishment of vesicle localization / exosomal secretion / amyloid-beta clearance by transcytosis / regulation of cilium assembly / regulation of protein transport / presynaptic endosome / astral microtubule organization / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / VxPx cargo-targeting to cilium / vesicle-mediated transport in synapse / protein transmembrane transport / regulation of vesicle-mediated transport / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / melanosome transport / multivesicular body assembly / Golgi to plasma membrane protein transport / protein localization to cilium / establishment of protein localization to membrane / TBC/RABGAPs / protein localization to cell surface / syntaxin binding / dynein light intermediate chain binding / mitotic metaphase chromosome alignment / exocytosis / cleavage furrow / positive regulation of epithelial cell migration / mitotic spindle assembly / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / transport vesicle / vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / multivesicular body / centriole / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / cytoplasmic vesicle membrane / regulation of cytokinesis / trans-Golgi network membrane / small monomeric GTPase / protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / trans-Golgi network / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / recycling endosome / Schaffer collateral - CA1 synapse / endocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / spindle pole / neuron projection development / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / synaptic vesicle membrane / G protein activity / cytoplasmic vesicle / vesicle / microtubule binding / Golgi membrane / GTPase activity / centrosome / GTP binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...: / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-11A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Ma, P. / Li, S. / Li, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)31500632 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human Ras-related protein Rab11
著者: Ma, P. / Li, S. / Li, J.
履歴
登録2018年12月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-11A
B: Ras-related protein Rab-11A
C: Ras-related protein Rab-11A
D: Ras-related protein Rab-11A
E: Ras-related protein Rab-11A
F: Ras-related protein Rab-11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,64012
ポリマ－111,9816
非ポリマー2,6596
水3,855214
1
A: Ras-related protein Rab-11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9902
ポリマ－18,5471
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area720 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8570 Å2
手法PISA
2
B: Ras-related protein Rab-11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9902
ポリマ－18,5471
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8580 Å2
手法PISA
3
C: Ras-related protein Rab-11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9902
ポリマ－18,5471
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area720 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8560 Å2
手法PISA
4
D: Ras-related protein Rab-11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2822
ポリマ－18,8391
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area8640 Å2
手法PISA
5
E: Ras-related protein Rab-11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9902
ポリマ－18,5471
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area720 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area8550 Å2
手法PISA
6
F: Ras-related protein Rab-11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3972
ポリマ－18,9541
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area720 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.606, 150.762, 60.125
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ras-related protein Rab-11A / Rab-11 / YL8


分子量: 18546.895 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB11A, RAB11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62491
#2: タンパク質 Ras-related protein Rab-11A / Rab-11 / YL8


分子量: 18839.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB11A, RAB11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62491
#3: タンパク質 Ras-related protein Rab-11A / Rab-11 / YL8


分子量: 18954.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GDP / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB11A, RAB11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62491
#4: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.15M Li2SO4, 0.1M Glycine, 0.8M NaH2PO4 1.2M Na2HPO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 48648 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 2.5 % / CC1/2: 0.945 / Rpim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Num. unique obs: 2190 / CC1/2: 0.945 / Rpim(I) all: 0.248

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OIV

1oiv


解像度: 2.11→46.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.381 / ESU R Free: 0.243
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26108 2421 5 %RANDOM
Rwork0.21938 ---
obs0.22148 46212 91.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.154 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.01 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.11→46.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8009 0 0 214 8223
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0128146
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3341.66711054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6565979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.94621.518448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.12151391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4491566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7742.5273943
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9693.7754913
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2572.8354203
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.88434.37912711
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.107→2.161 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 154 -
Rwork0.342 3073 -
obs--82.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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