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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ixx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a complex between psychrophilic marine protease MP and its inhibitor LupI | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/INIHBITOR / psychrophilic marine protease / protein-protein complex / HYDROLASE-INIHBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 metalloendopeptidase inhibitor activity / 細胞外マトリックス / metalloendopeptidase activity / ペリプラズム / calcium ion binding / タンパク質分解 / extracellular space / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Flavobacterium sp. YS-80-122 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.999 Å | ||||||
データ登録者 | Hao, J.H. / Zhang, L.H. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of a complex between psychrophilic marine protease MP and its inhibitor LupI 著者: Hao, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ixx.cif.gz | 232.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ixx.ent.gz | 182.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ixx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/6ixx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/6ixx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3u1rS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48632.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium sp. YS-80-122 (バクテリア) Plasmid details: yellow sea in china / 参照: UniProt: D0VMS8 | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 10548.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium sp. YS-80-122 (バクテリア) Plasmid details: yellow sea in china / 参照: UniProt: G3MEU6 | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-ZN / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | Author states that the sequence G3MEU6 may have errors in sequencing, and this time the sequence is ...Author states that the sequence G3MEU6 may have errors in sequencing, and this time the sequence is re-sequence verified to be Leu. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.31 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2M NaCl 0.1M MES 10% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.999→50 Å / Num. obs: 35471 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 17.813 |
反射 シェル | 解像度: 1.999→2.07 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.342 / Num. unique obs: 35471 / Rsym value: 0.342 / % possible all: 85.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3U1R 解像度: 1.999→38.672 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.03
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 69.76 Å2 / Biso mean: 28.5577 Å2 / Biso min: 14.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.999→38.672 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 16.5939 Å / Origin y: 14.2576 Å / Origin z: 24.6993 Å
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精密化 TLSグループ |
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