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- PDB-6ixv: Crystal structure of SH3BP5-Rab11a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ixv
タイトルCrystal structure of SH3BP5-Rab11a
要素
  • Ras-related protein Rab-11A
  • SH3 domain-binding protein 5
キーワードSIGNALING PROTEIN / Rab11 / GEF / SH3BP5
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / : / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / postsynaptic recycling endosome / establishment of protein localization to organelle / establishment of vesicle localization / positive regulation of mitotic cytokinetic process / plasma membrane to endosome transport ...regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / : / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / postsynaptic recycling endosome / establishment of protein localization to organelle / establishment of vesicle localization / positive regulation of mitotic cytokinetic process / plasma membrane to endosome transport / exosomal secretion / regulation of cilium assembly / melanosome transport / amyloid-beta clearance by transcytosis / astral microtubule organization / VxPx cargo-targeting to cilium / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / protein transmembrane transport / regulation of vesicle-mediated transport / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / Golgi to plasma membrane protein transport / multivesicular body assembly / protein localization to cilium / dynein light intermediate chain binding / establishment of protein localization to membrane / TBC/RABGAPs / protein localization to cell surface / syntaxin binding / mitotic metaphase chromosome alignment / positive regulation of epithelial cell migration / protein kinase inhibitor activity / exocytosis / cleavage furrow / centriolar satellite / mitotic spindle assembly / phagocytic vesicle / vesicle-mediated transport / transport vesicle / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / centriole / multivesicular body / small monomeric GTPase / regulation of cytokinesis / trans-Golgi network membrane / guanyl-nucleotide exchange factor activity / protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / trans-Golgi network / cytoplasmic vesicle membrane / recycling endosome / G protein activity / SH3 domain binding / spindle pole / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / recycling endosome membrane / endocytic vesicle membrane / neuron projection development / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / vesicle / nuclear body / intracellular signal transduction / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / centrosome / glutamatergic synapse / GTP binding / Golgi apparatus / signal transduction / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SH3-binding 5 / SH3 domain-binding protein 5 (SH3BP5) / : / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases ...SH3-binding 5 / SH3 domain-binding protein 5 (SH3BP5) / : / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / SH3 domain-binding protein 5 / Ras-related protein Rab-11A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Goto-Ito, S. / Yamagata, A. / Sato, Y. / Fukai, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science17K15072 日本
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2019
タイトル: Structural basis of guanine nucleotide exchange for Rab11 by SH3BP5.
著者: Goto-Ito, S. / Morooka, N. / Yamagata, A. / Sato, Y. / Sato, K. / Fukai, S.
履歴
登録2018年12月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SH3 domain-binding protein 5
B: SH3 domain-binding protein 5
C: SH3 domain-binding protein 5
D: SH3 domain-binding protein 5
E: Ras-related protein Rab-11A
F: Ras-related protein Rab-11A
G: Ras-related protein Rab-11A
H: Ras-related protein Rab-11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,98611
ポリマ－203,7018
非ポリマー2853
水00
1
A: SH3 domain-binding protein 5
E: Ras-related protein Rab-11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0203
ポリマ－50,9252
非ポリマー951
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area24710 Å2
手法PISA
2
B: SH3 domain-binding protein 5
F: Ras-related protein Rab-11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0203
ポリマ－50,9252
非ポリマー951
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area25290 Å2
手法PISA
3
C: SH3 domain-binding protein 5
G: Ras-related protein Rab-11A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9252
ポリマ－50,9252
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area24530 Å2
手法PISA
4
D: SH3 domain-binding protein 5
H: Ras-related protein Rab-11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0203
ポリマ－50,9252
非ポリマー951
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area24910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.806, 199.075, 303.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質
SH3 domain-binding protein 5 / SH3BP-5 / SH3 domain-binding protein that preferentially associates with BTK


分子量: 31184.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SH3BP5, SAB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60239
#2: タンパク質
Ras-related protein Rab-11A / Rab-11 / YL8


分子量: 19741.131 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB11A, RAB11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62491
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.6M NaCl, 0.1M NaH2PO4 pH 6.8, 16% PEG 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 35583 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 32.6 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Net I/σ(I): 41.1
反射 シェル解像度: 3.8→3.87 Å / Rmerge(I) obs: 1.546 / Num. unique obs: 1505

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.8→49.769 Å / SU ML: 0.62 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 1753 4.93 %
Rwork0.2286 --
obs0.23 35564 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→49.769 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12735 0 15 0 12750
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00112909
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.46117339
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.6664989
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0161933
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022241
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8004-3.90310.36771580.31852526X-RAY DIFFRACTION99
3.9031-4.01790.36641200.31052556X-RAY DIFFRACTION100
4.0179-4.14760.35191400.30372583X-RAY DIFFRACTION100
4.1476-4.29570.35611430.28942549X-RAY DIFFRACTION100
4.2957-4.46760.30321420.27722568X-RAY DIFFRACTION100
4.4676-4.67080.31831310.25072590X-RAY DIFFRACTION100
4.6708-4.91690.28931380.24242586X-RAY DIFFRACTION100
4.9169-5.22460.30541350.25272572X-RAY DIFFRACTION100
5.2246-5.62750.38021350.30782621X-RAY DIFFRACTION100
5.6275-6.19290.34411230.30392625X-RAY DIFFRACTION100
6.1929-7.08680.30861260.262621X-RAY DIFFRACTION100
7.0868-8.92020.22451170.19332662X-RAY DIFFRACTION100
8.9202-49.7730.18771450.18442752X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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