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- PDB-6ixd: X-ray crystal structure of bPI-11 hiv-1 protease complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ixd
タイトルX-ray crystal structure of bPI-11 hiv-1 protease complex
要素Protease
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 protease / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B0F / Protease
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1 Å
データ登録者Adachi, M. / Hidaka, K.
引用ジャーナル: Bioconjug.Chem. / 年: 2019
タイトル: Acquired Removability of Aspartic Protease Inhibitors by Direct Biotinylation.
著者: Hidaka, K. / Adachi, M. / Tsuda, Y.
履歴
登録2018年12月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease
B: Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8589
ポリマ－21,4812
非ポリマー1,3777
水6,377354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area9800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.302, 86.010, 46.549
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protease


分子量: 10740.677 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K,L33I,L63I,C67A,C95A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5RZ08, HIV-1 retropepsin

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非ポリマー , 5種, 361分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-B0F / (4R)-3-[(2S,3S)-3-[2-[4-[5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxidanylidene-1,3,3a,4,6,6a-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoylamino]-2,6-dimethyl-phenoxy]ethanoylamino]-2-oxidanyl-4-phenyl-butanoyl]-5,5-dimethyl-N-[(1S,2R)-2-oxidanyl-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]-1,3-thiazolidine-4-carboxamide


タイプ: peptide-like / 分子量: 873.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H56N6O8S2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 50mM sodium acetate buffer (pH 5.0), 20% saturated ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→46.6 Å / Num. obs: 126583 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 29.3
反射 シェル解像度: 1→1.04 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.293 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 12353 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3FX5

3fx5


解像度: 1→43.005 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 10.55
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1501 6326 5 %Random selection
Rwork0.1316 ---
obs0.1325 126508 99.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→43.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1512 0 90 354 1956
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3373011
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.146844
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008370
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1-1.01130.2112020.2053839X-RAY DIFFRACTION96
1.0113-1.02320.18132050.17973895X-RAY DIFFRACTION99
1.0232-1.03570.17322100.15513989X-RAY DIFFRACTION99
1.0357-1.04880.16052090.13683957X-RAY DIFFRACTION100
1.0488-1.06260.14362070.12463955X-RAY DIFFRACTION100
1.0626-1.07720.11622080.11623953X-RAY DIFFRACTION100
1.0772-1.09260.12252090.10493967X-RAY DIFFRACTION100
1.0926-1.10890.10632100.10283989X-RAY DIFFRACTION100
1.1089-1.12620.10972080.10213941X-RAY DIFFRACTION100
1.1262-1.14470.1072110.09854001X-RAY DIFFRACTION100
1.1447-1.16440.1052110.09564030X-RAY DIFFRACTION100
1.1644-1.18560.11422080.09333936X-RAY DIFFRACTION100
1.1856-1.20840.1052100.0963995X-RAY DIFFRACTION100
1.2084-1.23310.11562080.09893970X-RAY DIFFRACTION100
1.2331-1.25990.12092110.0993993X-RAY DIFFRACTION100
1.2599-1.28920.10572100.10173994X-RAY DIFFRACTION100
1.2892-1.32140.11612100.10343991X-RAY DIFFRACTION100
1.3214-1.35720.11632110.10434014X-RAY DIFFRACTION100
1.3572-1.39710.12932090.10963975X-RAY DIFFRACTION100
1.3971-1.44220.11712120.10854017X-RAY DIFFRACTION100
1.4422-1.49370.12292120.11544015X-RAY DIFFRACTION100
1.4937-1.55350.15222110.1144030X-RAY DIFFRACTION100
1.5535-1.62430.13362130.12144033X-RAY DIFFRACTION100
1.6243-1.70990.14542100.12544004X-RAY DIFFRACTION100
1.7099-1.8170.16812130.1364046X-RAY DIFFRACTION100
1.817-1.95730.14392150.13374069X-RAY DIFFRACTION100
1.9573-2.15430.13242120.13164055X-RAY DIFFRACTION100
2.1543-2.4660.17392160.15244082X-RAY DIFFRACTION100
2.466-3.10680.18232180.16134143X-RAY DIFFRACTION100
3.1068-43.04480.18162270.14874304X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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