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- PDB-6ix3: The structure of LepI complex with SAM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ix3
タイトルThe structure of LepI complex with SAM
要素O-methyltransferase lepI
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Leporin / SAM / O-methyltransferase / Pericyclase
機能・相同性
機能・相同性情報


O-methyltransferase activity / secondary metabolite biosynthetic process / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
Plant methyltransferase dimerisation / Plant O-methyltransferase dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / O-methyltransferase lepI
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus flavus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Cai, Y. / Ohashi, M. / Hai, Y. / Tang, Y. / Zhou, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB20000000 中国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for stereoselective dehydration and hydrogen-bonding catalysis by the SAM-dependent pericyclase LepI.
著者: Cai, Y. / Hai, Y. / Ohashi, M. / Jamieson, C.S. / Garcia-Borras, M. / Houk, K.N. / Zhou, J. / Tang, Y.
履歴
登録2018年12月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-methyltransferase lepI
B: O-methyltransferase lepI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,8165
ポリマ－90,9832
非ポリマー8323
水8,053447
1
A: O-methyltransferase lepI
B: O-methyltransferase lepI
ヘテロ分子

A: O-methyltransferase lepI
B: O-methyltransferase lepI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,63110
ポリマ－181,9674
非ポリマー1,6656
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area22110 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area59560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.301, 61.792, 113.318
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 O-methyltransferase lepI / Leporins biosynthesis protein I


分子量: 45491.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus flavus (カビ) / 遺伝子: lepI, AFLA_066940 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B8NJH3, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.65 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M sodium chloride, 0.1M MES(pH 6.0), 20%(w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→50 Å / Num. obs: 56044 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.192 / Net I/σ(I): 19.553
反射 シェル解像度: 2.13→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 2.028 / Num. unique obs: 2744

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIXv1.12_2829位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.13→36.959 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2114 2834 5.09 %
Rwork0.1756 --
obs0.1774 55671 96.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→36.959 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6103 0 55 447 6605
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046444
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7758781
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.7832425
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043976
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061150
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.13-2.16670.25941030.20532096X-RAY DIFFRACTION78
2.1667-2.20610.27881670.19912581X-RAY DIFFRACTION95
2.2061-2.24850.23341340.19772553X-RAY DIFFRACTION96
2.2485-2.29440.22691160.19652678X-RAY DIFFRACTION97
2.2944-2.34430.25111630.19142615X-RAY DIFFRACTION97
2.3443-2.39880.24341330.18922676X-RAY DIFFRACTION97
2.3988-2.45880.23111460.18712621X-RAY DIFFRACTION97
2.4588-2.52520.25271270.18772672X-RAY DIFFRACTION98
2.5252-2.59950.24211350.19372652X-RAY DIFFRACTION98
2.5995-2.68340.22111340.18962694X-RAY DIFFRACTION98
2.6834-2.77930.21911560.18822656X-RAY DIFFRACTION98
2.7793-2.89050.22981460.18572659X-RAY DIFFRACTION98
2.8905-3.0220.21751220.18842680X-RAY DIFFRACTION98
3.022-3.18130.21981430.18232698X-RAY DIFFRACTION99
3.1813-3.38040.23241500.1852677X-RAY DIFFRACTION99
3.3804-3.64120.20451560.16972720X-RAY DIFFRACTION99
3.6412-4.00730.19241580.15532675X-RAY DIFFRACTION99
4.0073-4.58620.1751530.13942729X-RAY DIFFRACTION99
4.5862-5.77460.18841370.16412754X-RAY DIFFRACTION99
5.7746-36.96490.17291550.16622751X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -34.169 Å / Origin y: -17.9213 Å / Origin z: 25.8129 Å
111213212223313233
T0.1582 Å20.0036 Å2-0.023 Å2-0.1216 Å20.0571 Å2--0.1043 Å2
L1.7839 °2-0.4938 °2-0.4324 °2-0.4521 °20.0867 °2--0.5415 °2
S0.0088 Å °0.2223 Å °0.1196 Å °-0.0187 Å °-0.0415 Å °-0.0049 Å °-0.0321 Å °-0.0781 Å °0.0351 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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