PDB-6ix1: Structure of 2S albumin seed protein from Dolichos

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ix1

タイトル

Structure of 2S albumin seed protein from Dolichos

要素

2S Albumin protein

キーワード

PLANT PROTEIN / 2S albumin / beta sheet

機能・相同性

4 Propeller / Hemopexin / Hemopexin-like domain / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Dolichos (マメ科)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.28 Å

データ登録者

Sharma, S.C. / Kumar, A. / Salunke, D.M.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: High resolution structural and functional analysis of a hemopexin motif protein from Dolichos.
著者: Sharma, S.C. / Kumar, A. / Vashisht, S. / Salunke, D.M.

履歴

登録	2018年12月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ix1.cif.gz	298.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ix1.ent.gz	240.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ix1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ix1_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ix1_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	6ix1_validation.xml.gz	32.4 KB	表示
CIF形式データ	6ix1_validation.cif.gz	48.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/6ix1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/6ix1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3oyoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4hsd-2 6ldq-1 2ukd-d 5ycc-1 6lfc-2 1ivn-d 2tps-2 5b5s-d 2v4a-1 6lfc-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2S Albumin protein

B: 2S Albumin protein

C: 2S Albumin protein

ヘテロ分子

75.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2S Albumin protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 2S Albumin protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: 2S Albumin protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.158, 65.158, 118.167
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	LEU	LEU	A	A	2 - 223	2 - 223
2	1	SER	SER	LEU	LEU	B	B	2 - 223	2 - 223
1	2	ALA	ALA	THR	THR	A	A	1 - 225	1 - 225
2	2	ALA	ALA	THR	THR	C	C	1 - 225	1 - 225
1	3	SER	SER	LEU	LEU	B	B	2 - 223	2 - 223
2	3	SER	SER	LEU	LEU	C	C	2 - 223	2 - 223

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	2S Albumin protein 分子量: 24849.031 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dolichos (マメ科)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 628 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.34 % / 解説: Rod shaped
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: Sodium acetate trihydrate, Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.8856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.8856 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.693
1	1	K, H, -L	2	0.307

反射

解像度: 1.28→31.41 Å / Num. obs: 140457 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.8 % / CC_1/2: 0.986 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 15.6

反射シェル

解像度: 1.28→1.294 Å / R_merge(I) obs: 0.432 / Num. unique obs: 13099 / CC_1/2: 0.866 / R_pim(I) all: 0.341

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	v1.8.2-1309	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3OYO

3oyo

解像度: 1.28→31.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 1.38 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.01 / ESU R Free: 0.01 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1698	14272	10.2 %	RANDOM
R_work	0.12837	-	-	-
obs	0.13262	126208	96.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.296 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.41 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.41 Å²	-0 Å²
3-	-	-	6.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.28→31.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5247	0	45	628	5920

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.013	5494
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4980
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.169	1.654	7469
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.628	1.576	11569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.308	5	690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.226	21.88	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.943	15	873
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.873	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.133	0.2	731
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	6192
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.055	1.105	2733
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.032	1.104	2732
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.37	1.671	3426
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.37	1.671	3427
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.765	1.298	2761
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.756	1.298	2726
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.095	1.877	3988
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.241	14.056	6175
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.069	13.646	6048
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.126	3	10474
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	7296	0.1
1	2	B	7296	0.1
2	1	A	7085	0.13
2	2	C	7085	0.13
3	1	B	6912	0.13
3	2	C	6912	0.13

LS精密化シェル

解像度: 1.279→1.313 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	930	-
R_work	0.255	8666	-
obs	-	-	88.93 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)