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- PDB-6ix1: Structure of 2S albumin seed protein from Dolichos -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ix1
タイトルStructure of 2S albumin seed protein from Dolichos
要素2S Albumin protein
キーワードPLANT PROTEIN / 2S albumin / beta sheet
機能・相同性4 Propeller / Hemopexin / Hemopexin-like domain / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Dolichos (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Sharma, S.C. / Kumar, A. / Salunke, D.M.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
インド
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: High resolution structural and functional analysis of a hemopexin motif protein from Dolichos.
著者: Sharma, S.C. / Kumar, A. / Vashisht, S. / Salunke, D.M.
履歴
登録2018年12月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2S Albumin protein
B: 2S Albumin protein
C: 2S Albumin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,41212
ポリマ－74,5473
非ポリマー8659
水11,313628
1
A: 2S Albumin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1374
ポリマ－24,8491
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area9250 Å2
手法PISA
2
B: 2S Albumin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1374
ポリマ－24,8491
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9230 Å2
手法PISA
3
C: 2S Albumin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1374
ポリマ－24,8491
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.158, 65.158, 118.167
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERLEULEUAA2 - 2232 - 223
21SERSERLEULEUBB2 - 2232 - 223
12ALAALATHRTHRAA1 - 2251 - 225
22ALAALATHRTHRCC1 - 2251 - 225
13SERSERLEULEUBB2 - 2232 - 223
23SERSERLEULEUCC2 - 2232 - 223

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 2S Albumin protein


分子量: 24849.031 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dolichos (マメ科)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 628 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.34 % / 解説: Rod shaped
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: Sodium acetate trihydrate, Ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.693
11K, H, -L20.307
反射解像度: 1.28→31.41 Å / Num. obs: 140457 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.28→1.294 Å / Rmerge(I) obs: 0.432 / Num. unique obs: 13099 / CC1/2: 0.866 / Rpim(I) all: 0.341

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXv1.8.2-1309位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OYO

3oyo


解像度: 1.28→31.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.38 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.01 / ESU R Free: 0.01 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1698 14272 10.2 %RANDOM
Rwork0.12837 ---
obs0.13262 126208 96.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 12.296 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.41 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.41 Å2-0 Å2
3---6.81 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.28→31.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5247 0 45 628 5920
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0135494
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174980
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1691.6547469
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6281.57611569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3085690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.22621.88266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.94315873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8731530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2731
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.026192
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021234
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0551.1052733
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0321.1042732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.371.6713426
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.371.6713427
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7651.2982761
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7561.2982726
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0951.8773988
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.24114.0566175
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.06913.6466048
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.126310474
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A72960.1
12B72960.1
21A70850.13
22C70850.13
31B69120.13
32C69120.13
LS精密化 シェル解像度: 1.279→1.313 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 930 -
Rwork0.255 8666 -
obs--88.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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