PDB-6iwv: Crystal structure of a single strand DNA binding protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6iwv

タイトル

Crystal structure of a single strand DNA binding protein

要素

Single-stranded DNA-binding protein 2

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / a single strand DNA binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

single-stranded DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Wang, H.Y. / Yan, X.X.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the LUFS domain of human single-stranded DNA binding Protein 2 (SSBP2).
著者: Wang, H. / Wang, Z. / Tang, Q. / Yan, X.X. / Xu, W.

履歴

登録	2018年12月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6iwv.cif.gz	72.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6iwv.ent.gz	55.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6iwv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6iwv_validation.pdf.gz	424.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6iwv_full_validation.pdf.gz	425.8 KB	表示
XML形式データ	6iwv_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	6iwv_validation.cif.gz	11.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/6iwv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/6iwv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5yre-d 1mbx-1 1k1f-2 3awg-3 5yrl-d 2hrv-d 6rbt-d 7bgx-1 1lzw-d 6rbp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Single-stranded DNA-binding protein 2

B: Single-stranded DNA-binding protein 2

15.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Single-stranded DNA-binding protein 2

B: Single-stranded DNA-binding protein 2

A: Single-stranded DNA-binding protein 2

B: Single-stranded DNA-binding protein 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
31.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.906, 116.906, 42.355
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-102- HOH
2	1	A-120- HOH
3	1	A-151- HOH
4	1	A-158- HOH
5	1	B-153- HOH

#1: タンパク質	Single-stranded DNA-binding protein 2 / Sequence-specific single-stranded-DNA-binding protein 2 分子量: 7854.858 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SSBP2, SSDP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P81877
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.3, 1.9 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→20 Å / Num. obs: 26784 / % possible obs: 99.09 % / 冗長度: 22.8 % / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.015 / Net I/σ(I): 94.73
反射シェル	解像度: 1.52→1.55 Å / Num. unique obs: 1288 / CC_1/2: 0.626 / R_pim(I) all: 0.728

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データスケーリング
AutoSol		位相決定
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.52→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 2.476 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.061 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18055	1293	4.9 %	RANDOM
R_work	0.14568	-	-	-
obs	0.14733	25214	99.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.964 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.37 Å²	0.19 Å²	0 Å²
2-	-	0.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.52→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1056	0	0	121	1177

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.247	1.92	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.927	3	2348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.689	5	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.651	23.519	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.002	15	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.679	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	288
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.038	3.495	528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.024	3.491	527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.645	5.236	662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.649	5.239	663
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.199	3.798	607
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.188	3.796	607
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.701	5.568	893
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.339	29.328	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.082	28.873	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.41	3	2147
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	29.018	5	49
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	13.655	5	2170

LS精密化シェル

解像度: 1.52→1.559 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.263	93	-
R_work	0.258	1818	-
obs	-	-	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.882	4.2154	2.216	9.2185	4.9274	2.5877	-1.3506	0.7019	-1.653	-0.8926	0.3389	0.2373	1.9508	-1.313	1.1276	1.0894	-0.194	0.2321	0.6597	-0.1086	0.7794	37.83	43.7017	36.8054
2	2.5626	0.2348	-0.2841	3.4293	-1.513	4.1219	0.063	0.0683	0.0832	0.1005	-0.0743	-0.2578	0.0262	0.211	-0.0148	0.2335	0.0263	-0.0014	0.2434	0.0079	0.2648	39.4551	36.7375	16.7188
3	2.6566	2.7737	-0.1083	3.2132	-1.2175	3.2838	-0.4152	0.0506	-0.12	0.2998	0.3794	-1.0083	0.2277	0.4048	0.0498	0.331	0.0391	0.0199	0.3289	0.001	0.353	45.8503	38.3072	18.0265
4	2.8296	-0.0941	-0.7778	2.8007	-1.8805	3.7527	-0.0236	0.0583	-0.3625	-0.4196	0.1406	0.3037	0.8084	-0.3669	0.0572	0.4273	-0.0136	-0.0347	0.349	0.048	0.3502	35.3196	20.7622	24.9178
5	4.0766	0.4413	-0.8493	2.6955	-0.7207	6.9316	-0.0443	0.2163	-0.3165	-0.3502	0.0312	0.107	0.7054	-0.3517	0.0027	0.2953	-0.016	-0.0247	0.2801	0.0063	0.2778	29.597	30.7695	16.1567
6	4.3633	0.6216	-1.7451	2.7253	-0.0027	2.0554	-0.2931	0.3573	-0.4449	-0.078	-0.3012	0.6183	0.6066	-0.8719	0.21	0.3676	0.0247	-0.0341	0.4148	-0.0508	0.4122	24.0203	30.5611	15.9036
7	4.5289	-1.8196	0.1339	2.4369	-1.3938	2.0711	-0.0955	-0.3308	0.3662	0.3144	0.0744	-0.0976	-0.1537	0.1307	0.1503	0.3346	0.0279	-0.0204	0.2882	0.0306	0.3367	37.6471	29.9919	31.4799

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 15 )	A	11 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 45 )	A	16 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 46 through 59 )	A	46 - 59
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 60 through 76 )	A	60 - 76
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 12 through 45 )	B	12 - 45
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 46 through 59 )	B	46 - 59
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 60 through 73 )	B	60 - 73

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