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- PDB-6iv2: Crystal structure of a bacterial Bestrophin homolog from Klebsiel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iv2
タイトルCrystal structure of a bacterial Bestrophin homolog from Klebsiella pneumoniae with a mutation Y211A
要素Bestrophin homolog
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Bestrophin-1 / homolog / mutation / klebsiella pneumoniae
機能・相同性UPF0187 family / Bestrophin/UPF0187 / Bestrophin, RFP-TM, chloride channel / chloride channel activity / membrane / Ibestrophin
機能・相同性情報
生物種Klebsiella pneumoniae IS53 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Kittredge, A. / Chen, S. / Yang, T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号
National Natural Science Foundation of China31770801 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / : 2019
タイトル: Dual Ca2+-dependent gates in human Bestrophin1 underlie disease-causing mechanisms of gain-of-function mutations.
著者: Ji, C. / Kittredge, A. / Hopiavuori, A. / Ward, N. / Chen, S. / Fukuda, Y. / Zhang, Y. / Yang, T.
履歴
登録2018年12月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月8日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_2 ...audit_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bestrophin homolog
B: Bestrophin homolog
C: Bestrophin homolog
D: Bestrophin homolog
E: Bestrophin homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,04517
ポリマ-168,2605
非ポリマー78512
64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24980 Å2
ΔGint-580 kcal/mol
Surface area47550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.160, 160.109, 162.035
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Bestrophin homolog


分子量: 33652.070 Da / 分子数: 5 / 変異: Y211A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae IS53 (肺炎桿菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W1ELP7
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05M zinc acetate, 6% v/v ethylene glycol, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.0, 6.6% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→71.77 Å / Num. obs: 87896 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 14.28
反射 シェル解像度: 2.62→2.71 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.62→71.773 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2626 1999 2.29 %
Rwork0.2239 --
obs0.2249 87275 97.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→71.773 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10412 0 0 36 10448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910749
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8714605
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3596410
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481748
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061835
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.62-2.68550.35211410.33296048X-RAY DIFFRACTION98
2.6855-2.75810.31311450.30666119X-RAY DIFFRACTION99
2.7581-2.83930.32421420.28546132X-RAY DIFFRACTION99
2.8393-2.9310.32171480.27776173X-RAY DIFFRACTION99
2.931-3.03570.32261410.26546151X-RAY DIFFRACTION99
3.0357-3.15730.27711470.24956145X-RAY DIFFRACTION99
3.1573-3.30090.25241440.24016172X-RAY DIFFRACTION99
3.3009-3.4750.28431430.23076101X-RAY DIFFRACTION98
3.475-3.69270.23591390.22026100X-RAY DIFFRACTION98
3.6927-3.97780.26351430.20316027X-RAY DIFFRACTION96
3.9778-4.3780.25091430.20266034X-RAY DIFFRACTION96
4.378-5.01140.23521410.19216034X-RAY DIFFRACTION96
5.0114-6.31330.30021370.2546019X-RAY DIFFRACTION94
6.3133-71.79960.23941450.20926021X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0202-0.1987-0.02330.43230.05560.0208-0.38830.55330.5014-0.9221-0.42481.5706-0.1171-1.99340.00810.9061-0.4138-0.10731.5847-0.25521.2343-51.4072-3.1306-28.9024
2-0.351-0.0809-0.3302-0.2050.1840.1865-0.2259-0.1084-0.12770.14650.0576-0.03960.51550.46650.00030.7082-0.02350.01070.6802-0.0210.5411-36.633914.72142.7454
31.0849-0.35410.8972.0389-0.54260.5305-0.1465-0.0798-0.27110.35240.21170.438-0.0111-0.21710.00010.5508-0.02290.07360.65570.06450.6291-45.840826.587119.8048
40.56490.06330.39510.36930.01470.2187-0.3595-0.1299-0.06960.17710.16490.6632-0.3084-0.86980.00910.7384-0.30920.03951.1566-0.17910.7787-45.15580.4862-20.4902
50.4707-0.0319-0.18260.62080.01830.06710.0609-0.2486-0.4482-0.34480.22970.33020.59820.08860.00620.9323-0.0252-0.0680.76680.02220.875-45.270911.877615.4987
60.15820.0685-0.14730.3079-0.3620.1026-0.70840.32540.7824-0.94340.2538-0.2911-0.19670.00880.00731.48450.1051-0.15451.0979-0.05560.9426-39.790915.8369-42.8694
7-0.1162-0.1937-0.06790.1361-0.10080.0162-0.43760.0436-0.11310.3339-0.04510.37250.7724-0.4068-0.00450.7145-0.03050.11980.5976-0.13090.5223-34.908526.1915-5.4926
81.2219-0.0053-0.46071.3152-0.22380.45020.0626-0.00740.51710.0504-0.06210.2153-0.3733-0.12230.00230.50830.04870.00010.5536-0.03170.6418-37.542847.45377.6301
9-0.011-0.0099-0.01380.01320.02930.0108-0.09420.3698-0.1510.0625-0.5613-0.7028-0.13840.3536-0.00331.7335-0.06670.50060.84380.11161.446-27.79834.541-16.255
100.6454-0.4706-0.25830.32640.43190.873-0.10620.51030.2993-0.70820.30780.0932-1.056-0.28520.59251.0634-0.0569-0.0820.9386-0.0570.7763-38.584517.0644-30.5739
111.44280.029-0.21520.4876-0.29430.163-0.11830.6432-0.2297-0.46360.25170.66090.4918-0.12730.02980.53260.0069-0.08010.46550.03440.5173-46.089435.9027-0.4649
12-0.005-0.12180.21690.6873-0.55030.67991.01660.1680.8741-0.9948-0.3957-0.38110.3445-0.22090.24761.1798-0.15190.45281.3724-0.5691.4735-9.281-10.2041-29.2575
130.55370.067-0.16990.46730.75750.1595-0.25720.5467-0.10570.31780.19430.04630.20620.56750.01860.452-0.0735-00.5336-0.12520.532-14.453717.4098-2.2159
140.64970.7387-0.57580.8189-0.72451.26140.042-0.2776-0.25390.3358-0.0158-0.50210.0640.52960.00020.60020.0519-0.18390.72130.0550.7697-3.119924.064319.0848
150.79670.3213-0.52642.8401-0.22920.19570.121-0.64260.25080.32890.3511-0.7566-0.23120.11670.27240.6225-0.08760.10031.035-0.37090.9577-12.7322-0.3558-19.5591
160.19530.0177-0.12040.2341-0.38940.4221-0.14110.0355-0.0898-0.9467-0.2188-0.8827-0.3260.87470.00040.6107-0.02730.01420.60550.01580.71-0.577623.87473.0686
170.0878-0.12590.19350.0963-0.16810.26350.32670.4815-0.13780.06690.29150.69450.23550.85460.02170.9321-0.27210.39381.3231-0.33791.0689-13.819910.8234-42.6439
18-0.87990.4214-0.9772-0.3220.51490.1292-0.2655-0.0140.0676-0.69120.02230.5846-0.7317-0.0950.01310.60220.021-0.04980.4731-0.06540.557-21.368528.071-8.3074
191.34490.6348-0.09491.1012-0.42070.325-0.0155-0.04690.25680.1095-0.0142-0.1202-0.13640.2420.00010.523-0.0047-0.01560.51860.01190.5952-10.854645.94185.9666
200.7282-0.6425-0.04090.9235-0.01690.0839-0.62330.30970.083-0.16910.3397-0.2421-0.48650.6290.28960.9705-0.28840.13710.8159-0.0910.8236-17.308715.1952-30.9842
210.30640.30340.12340.2556-0.16420.3941-0.0730.60490.1668-0.94480.27260.5928-0.8429-0.1773-0.00040.8827-0.0542-0.02870.92260.09910.8006-18.609642.4542-9.3496
220.1448-0.0305-0.06280.00960.10540.1603-0.5610.2497-0.3395-0.6482-0.05980.12210.8227-0.44-0.00061.6498-0.16040.1080.67010.05731.5324-29.2387-20.6437-16.7255
230.30080.0757-0.36050.4531-0.04541.0983-0.35990.5545-0.2910.01740.2369-0.2560.11460.6877-0.25860.7051-0.07120.07850.6557-0.06170.5536-26.91143.4822-1.7552
240.4161-0.24830.11510.4849-0.51820.70690.2931-0.7318-0.32110.9182-0.3971-0.22760.3148-0.07550.00161.0453-0.1147-0.07470.7910.1840.6658-23.29576.700330.9945
250.26920.1991-0.20230.06440.01150.09630.1245-0.52660.18560.2482-0.45510.2664-0.0924-0.47120.00040.6427-0.0145-0.01020.80060.06010.6029-26.425519.275327.0763
260.1021-0.1251-0.08790.15560.08860.10930.1255-0.41580.0620.24740.1106-0.34410.04260.02440.01021.5483-0.14380.17181.74430.47861.2459-38.55912.30761.2677
27-0.04290.0047-0.04020.04390.02310.01260.1601-1.404-0.91250.76030.0131-0.1099-0.1839-0.28160.00021.0097-0.260.22761.07250.07720.7781-35.5495-8.2204-10.731
281.03290.5105-0.47470.6911-0.43880.3502-0.5817-0.8688-1.81020.5263-0.25190.03971.06840.7946-0.19951.0915-0.10850.14730.8364-0.18871.2952-25.933-10.2286-14.7734
290.0154-0.04150.00920.04580.00320.01150.3580.1354-1.18050.41380.3808-0.26310.8133-0.5334-0.00021.0546-0.17460.17481.4571-0.25951.0098-23.806-1.80149.6442
300.0747-0.00430.01010.0338-0.05460.0634-0.1972-0.82780.01930.5943-0.1739-1.61370.45980.9476-0.00090.87270.1898-0.08081.30170.04951.168-11.95927.367124.0743
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 22:54 )A22 - 54
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 55:103 )A55 - 103
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 104:212 )A104 - 212
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 213:258 )A213 - 258
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 259:289 )A259 - 289
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 22:54 )B22 - 54
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 55:103 )B55 - 103
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 104:202 )B104 - 202
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 203:210 )B203 - 210
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 211:259 )B211 - 259
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 260:288 )B260 - 288
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 24:53 )C24 - 53
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 54:103 )C54 - 103
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 104:204 )C104 - 204
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 205:260 )C205 - 260
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 261:288 )C261 - 288
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN D AND RESID 22:53 )D22 - 53
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 54:103 )D54 - 103
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND RESID 104:204 )D104 - 204
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 205:255 )D205 - 255
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN D AND RESID 256:289 )D256 - 289
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN E AND RESID 25:43 )E25 - 43
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN E AND RESID 44:103 )E44 - 103
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN E AND RESID 104:155 )E104 - 155
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN E AND RESID 156:204 )E156 - 204
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN E AND RESID 205:211 )E205 - 211
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN E AND RESID 212:226 )E212 - 226
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN E AND RESID 227:261 )E227 - 261
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN E AND RESID 262:271 )E262 - 271
30X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN E AND RESID 272:289 )E272 - 289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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