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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6iv2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a bacterial Bestrophin homolog from Klebsiella pneumoniae with a mutation Y211A | ||||||
![]() | Bestrophin homolog | ||||||
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機能・相同性 | UPF0187 family / Bestrophin/UPF0187 / ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kittredge, A. / Chen, S. / Yang, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Dual Ca2+-dependent gates in human Bestrophin1 underlie disease-causing mechanisms of gain-of-function mutations. 著者: Ji, C. / Kittredge, A. / Hopiavuori, A. / Ward, N. / Chen, S. / Fukuda, Y. / Zhang, Y. / Yang, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 536.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 445.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6iv0C ![]() 6iv1C ![]() 6iv3C ![]() 6iv4C ![]() 6ivjC ![]() 6ivkC ![]() 6ivlC ![]() 6ivmC ![]() 6ivnC ![]() 6ivoC ![]() 6ivpC ![]() 6ivqC ![]() 6ivrC ![]() 6ivwC ![]() 6jlfC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33652.070 Da / 分子数: 5 / 変異: Y211A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.05 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.05M zinc acetate, 6% v/v ethylene glycol, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.0, 6.6% w/v PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.62→71.77 Å / Num. obs: 87896 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 14.28 |
反射 シェル | 解像度: 2.62→2.71 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.62→71.773 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.37 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.62→71.773 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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