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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6iv2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a bacterial Bestrophin homolog from Klebsiella pneumoniae with a mutation Y211A | ||||||
要素 | Bestrophin homolog | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Bestrophin-1 / homolog / mutation / klebsiella pneumoniae | ||||||
機能・相同性 | UPF0187 family / Bestrophin/UPF0187 / Bestrophin, RFP-TM, chloride channel / chloride channel activity / membrane / Ibestrophin 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae IS53 (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.62 Å | ||||||
データ登録者 | Kittredge, A. / Chen, S. / Yang, T. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019 タイトル: Dual Ca2+-dependent gates in human Bestrophin1 underlie disease-causing mechanisms of gain-of-function mutations. 著者: Ji, C. / Kittredge, A. / Hopiavuori, A. / Ward, N. / Chen, S. / Fukuda, Y. / Zhang, Y. / Yang, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6iv2.cif.gz | 536.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6iv2.ent.gz | 445.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6iv2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6iv2_validation.pdf.gz | 476.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6iv2_full_validation.pdf.gz | 507.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6iv2_validation.xml.gz | 47.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6iv2_validation.cif.gz | 64.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/6iv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/6iv2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6iv0C 6iv1C 6iv3C 6iv4C 6ivjC 6ivkC 6ivlC 6ivmC 6ivnC 6ivoC 6ivpC 6ivqC 6ivrC 6ivwC 6jlfC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33652.070 Da / 分子数: 5 / 変異: Y211A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae IS53 (肺炎桿菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W1ELP7 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.05 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.05M zinc acetate, 6% v/v ethylene glycol, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.0, 6.6% w/v PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.62→71.77 Å / Num. obs: 87896 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 14.28 |
反射 シェル | 解像度: 2.62→2.71 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.62→71.773 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.37 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.62→71.773 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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