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万見
- PDB-6iuy: Structure of DsGPDH of Dunaliella salina -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iuy
タイトルStructure of DsGPDH of Dunaliella salina
要素Glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(+)]
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase Phosphatase / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+] activity => GO:0047952 / L-phosphoserine phosphatase activity => GO:0036424 / glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) / glycerol-3-phosphate catabolic process / glycerol-3-phosphate dehydrogenase (FAD) complex / L-serine biosynthetic process / NAD binding / carbohydrate metabolic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, eukaryotic / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase signature. / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, C-terminal / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, N-terminal / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase N-terminus / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase C-terminus / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily ...: / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, eukaryotic / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase signature. / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, C-terminal / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, N-terminal / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase N-terminus / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase C-terminus / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(+)]
類似検索 - 構成要素
生物種Dunaliella salina (しおひげむし)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者He, Q. / Toh, J.D. / Ero, R. / Qiao, Z. / Kumar, V. / Gao, Y.G.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (Singapore)MOE2014-T2-1-083 シンガポール
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2020
タイトル: The unusual di-domain structure of Dunaliella salina glycerol-3-phosphate dehydrogenase enables direct conversion of dihydroxyacetone phosphate to glycerol.
著者: He, Q. / Toh, J.D. / Ero, R. / Qiao, Z. / Kumar, V. / Serra, A. / Tan, J. / Sze, S.K. / Gao, Y.G.
履歴
登録2018年12月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(+)]
B: Glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(+)]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,6639
ポリマ－137,8552
非ポリマー1,8087
水6,575365
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6950 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area45050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.335, 91.335, 348.319
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(+)]


分子量: 68927.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dunaliella salina (しおひげむし)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q52ZA0, glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+)

-
非ポリマー , 5種, 372分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-13P / 1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE / ジヒドロキシアセトンリン酸


分子量: 170.058 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.32 % / 解説: cubic
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10 mM NAD+, 10 mM DHAP, 56% Tacsimate pH 7.5 (Hampton)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.000021 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000021 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.362 Å / Num. obs: 142895 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 27.913 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rrim(I) all: 0.164 / Χ2: 1.268 / Net I/σ(I): 21.82 / Num. measured all: 3988632
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.2-2.3327.4532.161.6963201823115230220.592.20199.6
2.33-2.4926.461.3982.6657456221714217140.7651.425100
2.49-2.6929.1460.8924.5859029020253202530.9130.908100
2.69-2.9529.1710.528.1554185118575185750.9740.529100
2.95-3.328.220.27815.1247424016805168050.9920.283100
3.3-3.826.4490.12433.3439379614889148890.9980.126100
3.8-4.6528.9510.0760.9336212512508125080.9990.071100
4.65-6.5527.3380.05868.182658379724972410.059100
6.55-47.36228.4760.03111.361539135417540510.03199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WPQ

1wpq


解像度: 2.2→47.362 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2476 3808 5 %
Rwork0.199 72336 -
obs0.2014 76144 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.69 Å2 / Biso mean: 53.7861 Å2 / Biso min: 28.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→47.362 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8535 0 178 365 9078
Biso mean--48.42 51.2 -
残基数----1116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088813
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18311928
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451326
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051548
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2733217
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.2-2.22790.31531410.28442669
2.2279-2.25720.40371360.29892583
2.2572-2.28810.33821390.27992645
2.2881-2.32080.32341380.25942631
2.3208-2.35540.35751390.26482635
2.3554-2.39220.34131390.2632630
2.3922-2.43150.32571380.25462636
2.4315-2.47340.36911390.24342634
2.4734-2.51840.27681380.24042630
2.5184-2.56680.24971390.23712634
2.5668-2.61920.34711410.23672679
2.6192-2.67610.30481380.22612631
2.6761-2.73840.28071380.2282623
2.7384-2.80680.29161410.2232665
2.8068-2.88270.26791400.21932660
2.8827-2.96750.30631400.22252662
2.9675-3.06330.30291400.20752669
3.0633-3.17280.23611410.22112664
3.1728-3.29980.27661400.22292672
3.2998-3.44990.25941410.20192671
3.4499-3.63170.23621420.19372710
3.6317-3.85920.26081430.18422706
3.8592-4.1570.21591430.17022721
4.157-4.5750.19771440.16162732
4.575-5.23630.20991450.1622751
5.2363-6.59440.22081470.19452806
6.5944-47.360.18541580.17092987

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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