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- PDB-6iuq: Crystal structure and expression patterns of prolyl 4-hydroxylase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iuq
タイトルCrystal structure and expression patterns of prolyl 4-hydroxylases from Phytophthora capsici
要素Prolyl 4-hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / hydroxylase / iron / DSBH core fold
機能・相同性
機能・相同性情報


L-ascorbic acid binding / dioxygenase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Prolyl 4-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Phytophthora capsici LT1534 (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.348 Å
データ登録者Song, W.W. / Zhang, X.G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
CARS-25-03B 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure and expression patterns of prolyl 4-hydroxylases from Phytophthora capsici
著者: Song, W.W. / Zhang, X.G.
履歴
登録2018年11月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prolyl 4-hydroxylase
B: Prolyl 4-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0754
ポリマ－80,9632
非ポリマー1122
水4,486249
1
A: Prolyl 4-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5372
ポリマ－40,4811
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14360 Å2
手法PISA
2
B: Prolyl 4-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5372
ポリマ－40,4811
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.724, 63.782, 72.845
Angle α, β, γ (deg.)80.18, 65.27, 71.17
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Prolyl 4-hydroxylase


分子量: 40481.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: each monomer consisits of an iron ion
由来: (組換発現) Phytophthora capsici LT1534 (真核生物)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P1LYH8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細GenBank number of this polypeptide is MH251252.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.31 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M sodium citrate tribasic dehydrate pH5.0, 18% (w/v) PEG20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.348→50 Å / Num. obs: 38776 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.3 % / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / Num. unique obs: 1882 / Rpim(I) all: 0.172

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.348→43.669 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 22.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2168 1861 5.04 %
Rwork0.1844 --
obs0.1861 36918 92.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.348→43.669 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4844 0 2 249 5095
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084966
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0986717
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5081849
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042709
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006878
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3482-2.41170.24621110.20592003X-RAY DIFFRACTION69
2.4117-2.48270.28231140.19572213X-RAY DIFFRACTION75
2.4827-2.56280.25131290.19322431X-RAY DIFFRACTION84
2.5628-2.65440.24311410.19832730X-RAY DIFFRACTION94
2.6544-2.76070.24241700.19352819X-RAY DIFFRACTION97
2.7607-2.88630.2011360.19482865X-RAY DIFFRACTION98
2.8863-3.03840.24821460.20712868X-RAY DIFFRACTION98
3.0384-3.22870.21511500.18942812X-RAY DIFFRACTION97
3.2287-3.47790.19671380.17512886X-RAY DIFFRACTION98
3.4779-3.82770.19351600.17112872X-RAY DIFFRACTION99
3.8277-4.38120.21741360.16452894X-RAY DIFFRACTION99
4.3812-5.51810.18211710.16242807X-RAY DIFFRACTION98
5.5181-6.370.23551590.2092857X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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