[日本語] English
万見
- PDB-6iso: Human SIRT3 Recognizing H3K4cr -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iso
タイトルHuman SIRT3 Recognizing H3K4cr
要素
  • ARG-THR-LYS-GLN-THR-ALA-ARG
  • NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / Posttranslational modification / Sirtuins / Histones / Complex.
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of superoxide dismutase activity / positive regulation of catalase activity / NAD-dependent protein lysine delactylase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / peptidyl-lysine deacetylation / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / protein deacetylation / histone deacetylase activity, NAD-dependent ...positive regulation of superoxide dismutase activity / positive regulation of catalase activity / NAD-dependent protein lysine delactylase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / peptidyl-lysine deacetylation / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / protein deacetylation / histone deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of oxidative phosphorylation / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / protein lysine deacetylase activity / cellular response to stress / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / NAD+ binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / aerobic respiration / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / positive regulation of insulin secretion / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / sequence-specific DNA binding / mitochondrial matrix / enzyme binding / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily ...SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2E)-BUT-2-ENAL / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Wang, Y. / Hao, Q.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
GRF766510 香港
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Identification of 'erasers' for lysine crotonylated histone marks using a chemical proteomics approach.
著者: Bao, X. / Wang, Y. / Li, X. / Li, X.M. / Liu, Z. / Yang, T. / Wong, C.F. / Zhang, J. / Hao, Q. / Li, X.D.
履歴
登録2018年11月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2019年1月23日ID: 4V1C
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
C: ARG-THR-LYS-GLN-THR-ALA-ARG
B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
D: ARG-THR-LYS-GLN-THR-ALA-ARG
E: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
F: ARG-THR-LYS-GLN-THR-ALA-ARG
H: ARG-THR-LYS-GLN-THR-ALA-ARG
G: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
L: ARG-THR-LYS-GLN-THR-ALA-ARG
I: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
J: ARG-THR-LYS-GLN-THR-ALA-ARG
K: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,69227
ポリマ－188,57612
非ポリマー1,11615
水3,261181
1
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
C: ARG-THR-LYS-GLN-THR-ALA-ARG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5654
ポリマ－31,4292
非ポリマー1352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12530 Å2
手法PISA
2
B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
D: ARG-THR-LYS-GLN-THR-ALA-ARG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6575
ポリマ－31,4292
非ポリマー2283
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area12710 Å2
手法PISA
3
E: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
F: ARG-THR-LYS-GLN-THR-ALA-ARG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6575
ポリマ－31,4292
非ポリマー2283
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12620 Å2
手法PISA
4
H: ARG-THR-LYS-GLN-THR-ALA-ARG
G: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6575
ポリマ－31,4292
非ポリマー2283
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12370 Å2
手法PISA
5
L: ARG-THR-LYS-GLN-THR-ALA-ARG
K: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5914
ポリマ－31,4292
非ポリマー1622
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area9770 Å2
手法PISA
6
I: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
J: ARG-THR-LYS-GLN-THR-ALA-ARG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5654
ポリマ－31,4292
非ポリマー1352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area780 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area12520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.085, 138.085, 225.342
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22E
13A
23G
14A
24I
15B
25E
16B
26G
17B
27I
18E
28G
19E
29I
110G
210I

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSLEULEUAA122 - 3942 - 274
21LYSLYSLEULEUBC122 - 3942 - 274
12LYSLYSLEULEUAA122 - 3942 - 274
22LYSLYSLEULEUEE122 - 3942 - 274
13GLYGLYLEULEUAA121 - 3941 - 274
23GLYGLYLEULEUGH121 - 3941 - 274
14LYSLYSLYSLYSAA122 - 3932 - 273
24LYSLYSLYSLYSIJ122 - 3932 - 273
15LYSLYSLEULEUBC122 - 3942 - 274
25LYSLYSLEULEUEE122 - 3942 - 274
16LYSLYSLEULEUBC122 - 3942 - 274
26LYSLYSLEULEUGH122 - 3942 - 274
17LYSLYSLYSLYSBC122 - 3932 - 273
27LYSLYSLYSLYSIJ122 - 3932 - 273
18LYSLYSLEULEUEE122 - 3942 - 274
28LYSLYSLEULEUGH122 - 3942 - 274
19LYSLYSLYSLYSEE122 - 3932 - 273
29LYSLYSLYSLYSIJ122 - 3932 - 273
110LYSLYSLYSLYSGH122 - 3932 - 273
210LYSLYSLYSLYSIJ122 - 3932 - 273

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 12分子 ABEGIKCDFHLJ

#1: タンパク質
NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial / hSIRT3 / Regulatory protein SIR2 homolog 3 / SIR2-like protein 3


分子量: 30566.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT3, SIR2L3
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: Q9NTG7, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: タンパク質・ペプチド
ARG-THR-LYS-GLN-THR-ALA-ARG


分子量: 862.997 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 196分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CRD / (2E)-BUT-2-ENAL / CROTONALDEHYDE / 2-ブテナ-ル


分子量: 70.090 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% PEG4K, 0.1 M sodium malonate, pH 6.5, 5% isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 51122 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 19.96
反射 シェル解像度: 2.96→3.02 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GLR

3glr


解像度: 2.95→39.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / SU B: 17.22 / SU ML: 0.319 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.442 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27519 2319 5.1 %RANDOM
Rwork0.22144 ---
obs0.22414 43339 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.693 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.95→39.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12006 0 49 181 12236
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01312314
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5021.64816711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3581.57327355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.37251513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.89520.425635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.014152018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.16615112
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022645
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6534.9536117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.6544.9526116
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.1887.4137607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.1877.4147608
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6395.3886197
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6395.3896198
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.2597.9339105
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.23993.47449293
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.23793.48549277
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A80790.11
12B80790.11
21A80540.12
22E80540.12
31A77420.12
32G77420.12
41A73290.14
42I73290.14
51B78220.12
52E78220.12
61B76890.13
62G76890.13
71B72560.14
72I72560.14
81E75640.13
82G75640.13
91E72700.13
92I72700.13
101G72090.15
102I72090.15
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.026 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 142 -
Rwork0.267 2802 -
obs--87.67 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る