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万見
- PDB-6isi: Structure of 9N-I DNA polymerase incorporation with 3'-CL in the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6isi
タイトルStructure of 9N-I DNA polymerase incorporation with 3'-CL in the active site
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*CP*C)-3')
  • DNA polymerase
キーワードTRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / SOS response / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain ...DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B0U / PYROPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus sp. 9oN-7 (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Linwu, S.W. / Maestre-Reyna, M. / Tsai, M.D. / Tu, Y.H. / Chang, W.H.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Thermococcus sp. 9°N DNA polymerase exhibits 3'-esterase activity that can be harnessed for DNA sequencing.
著者: LinWu, S.W. / Tu, Y.H. / Tsai, T.Y. / Maestre-Reyna, M. / Liu, M.S. / Wu, W.J. / Huang, J.Y. / Chi, H.W. / Chang, W.H. / Chiou, C.F. / Wang, A.H. / Lee, J. / Tsai, M.D.
履歴
登録2018年11月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
C: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,6129
ポリマ－101,0523
非ポリマー5606
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area35380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)205.204, 205.204, 205.204
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase


分子量: 90939.820 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-775 / 変異: D141A, E143A, A485L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus sp. 9oN-7 (古細菌) / 株: 9oN-7 / 遺伝子: pol, polA
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q56366, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*CP*C)-3')


分子量: 4545.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 5566.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 27分子

#4: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸


分子量: 177.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-B0U / 3-[2-[2-(2-azanylethoxy)ethoxy]ethoxy]propanoic acid


分子量: 221.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO5
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium Acetate pH4.6, MPD, Glycerol, CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→40.24 Å / Num. obs: 23807 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.024 / Net I/σ(I): 9.12
反射 シェル解像度: 3.2→3.314 Å / Rmerge(I) obs: 0.41 / Num. unique obs: 2372 / CC1/2: 0.71

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSNovember 1, 2016 built 20161205データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K8X

4k8x


解像度: 3.2→40.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 54.794 / SU ML: 0.421 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.493
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29019 1243 5.2 %RANDOM
Rwork0.23188 ---
obs0.23492 22579 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 106.389 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→40.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5505 573 28 24 6130
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0126303
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0185096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2741.68709
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2271.67411702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5995756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.8721.429259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.12215740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5191533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.2858
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026970
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021420
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3745.3143027
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3745.3133026
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4717.9693782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4717.9713783
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9325.7753276
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9325.7773277
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3228.6784928
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.78963.1767252
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.78963.197253
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 85 -
Rwork0.351 1648 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3380.04620.16323.26770.78210.31590.2936-0.03030.0207-0.3963-0.25180.177-0.0842-0.1653-0.04180.71410.2526-0.09030.7441-0.08060.7015-66.7332.613-72.895
20.6568-0.73560.21451.44210.23510.9239-0.07880.0675-0.0550.2428-0.20790.0956-0.06450.00620.28660.6957-0.0505-0.01770.6251-0.15250.8228-52.882-19.483-54.742
30.7898-0.63632.70427.0415-22.578591.0394-1.6091-0.0778-0.05071.8505-3.3679-1.2863-9.28213.27174.9772.43610.43070.15283.5071-0.23292.4709-67.478-20.262-25.371
418.908-6.7174-6.2418.1514.7693.2721-0.2907-0.663-0.18930.7776-0.0360.16680.4142-0.03150.32670.959-0.0029-0.00950.9842-0.11780.6431-59.798-15.73-47.825
51.5702-1.4559-0.16782.38280.08020.355-0.0369-0.1638-0.16880.3374-0.21110.6716-0.0529-0.45230.2480.7747-0.00150.08711.0703-0.30520.8753-60.941-19.373-49.796
69.8311-3.4616-6.666930.807913.86729.0239-2.6975-0.91220.38281.69361.82692.89562.06731.29970.87061.79450.36530.67072.13030.09080.808-69.707-15.192-30.021
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 346
2X-RAY DIFFRACTION2A347 - 757
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - -5
4X-RAY DIFFRACTION4C-4 - 2
5X-RAY DIFFRACTION5D1 - 9
6X-RAY DIFFRACTION6D10 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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