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- PDB-6isb: crystal structure of human CD226 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6isb
タイトルcrystal structure of human CD226
要素CD226 antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD226 / DNAM-1
機能・相同性
機能・相同性情報


cell recognition / positive regulation of immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of mast cell activation / positive regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / positive regulation of natural killer cell cytokine production / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / cell adhesion molecule binding ...cell recognition / positive regulation of immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of mast cell activation / positive regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / positive regulation of natural killer cell cytokine production / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / cell adhesion molecule binding / positive regulation of type II interferon production / integrin binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / signaling receptor activity / cell adhesion / membrane raft / external side of plasma membrane / protein kinase binding / cell surface / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD226 antigen / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wang, H. / Qi, J. / Zhang, S. / Li, Y. / Tan, S. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Binding mode of the side-by-side two-IgV molecule CD226/DNAM-1 to its ligand CD155/Necl-5.
著者: Wang, H. / Qi, J. / Zhang, S. / Li, Y. / Tan, S. / Gao, G.F.
履歴
登録2018年11月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD226 antigen
B: CD226 antigen
C: CD226 antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2473
ポリマ－79,2473
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area26360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.879, 118.492, 123.171
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CD226 antigen / DNAX accessory molecule 1 / DNAM-1


分子量: 26415.797 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD226, DNAM1
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: Q15762
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1 M Tris (pH 7.5) and 0.8 M Na/K hydrogen phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 30085 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.9 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.03 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 24.645
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 4.311 / Num. unique obs: 2955 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.213 / Rsym value: 0.573 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→42.696 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2673 1504 5.01 %
Rwork0.2549 --
obs0.2555 30026 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→42.696 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4354 0 0 0 4354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054478
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8726110
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1081611
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054678
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008773
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4993-2.580.31361680.30622481X-RAY DIFFRACTION98
2.58-2.67220.28881480.29382529X-RAY DIFFRACTION100
2.6722-2.77920.28931190.28632577X-RAY DIFFRACTION100
2.7792-2.90560.30071220.27472594X-RAY DIFFRACTION100
2.9056-3.05880.30951470.29342540X-RAY DIFFRACTION100
3.0588-3.25030.30281650.27512558X-RAY DIFFRACTION100
3.2503-3.50120.25511030.26352604X-RAY DIFFRACTION100
3.5012-3.85330.27511480.24892595X-RAY DIFFRACTION100
3.8533-4.41040.25971450.22992599X-RAY DIFFRACTION100
4.4104-5.55470.21371000.22092670X-RAY DIFFRACTION100
5.5547-42.70260.25661390.26482775X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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