[日本語] English
万見
- PDB-6is9: Crystal Structure of ZmMOC1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6is9
タイトルCrystal Structure of ZmMOC1
要素Monokaryotic chloroplast 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Holliday junction resolvase
機能・相同性Holliday junction resolvase MOC1-like / crossover junction DNA endonuclease activity / metal ion binding / Holliday junction resolvase MOC1, chloroplastic
機能・相同性情報
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Lin, Z. / Lin, H. / Zhang, D. / Yuan, C.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of sequence-specific Holliday junction cleavage by MOC1.
著者: Lin, H. / Zhang, D. / Zuo, K. / Yuan, C. / Li, J. / Huang, M. / Lin, Z.
履歴
登録2018年11月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Monokaryotic chloroplast 1
B: Monokaryotic chloroplast 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8562
ポリマ－47,8562
非ポリマー00
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area16340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.373, 74.604, 97.381
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Monokaryotic chloroplast 1


分子量: 23928.240 Da / 分子数: 2 / 断片: RuvC domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: Moc1 / プラスミド: Modified pET vector / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4FCI7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.11 % / Mosaicity: 0.945 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.6
詳細: 0.07 M Bis-tris propane pH 7.6, 20% PEG 3350, 0.03 M citrate acid

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 31645 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 24.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.131 / Χ2: 1.177 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.86-1.948.60.96331010.8370.3431.0240.94299.5
1.94-2.038.50.6231120.9110.2230.661.00899.5
2.03-2.138.20.42731200.9530.1560.4561.11699.6
2.13-2.2780.41831160.9570.1540.4471.6899.6
2.27-2.4490.23531710.9810.0820.2491.31799.7
2.44-2.698.80.16631450.990.0580.1761.44199.5
2.69-3.088.50.11631940.9940.0410.1241.35199.8
3.08-3.888.80.07932160.9970.0280.0841.13799.7
3.88-508.10.05233680.9980.0190.0560.87899.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.86→41.868 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2094 1428 4.93 %
Rwork0.1745 --
obs0.1762 28948 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 81.68 Å2 / Biso mean: 31.3464 Å2 / Biso min: 14.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.86→41.868 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2640 0 0 222 2862
Biso mean---39 -
残基数----348
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.86-1.92650.29511520.24352675282799
1.9265-2.00360.26211300.21822712284299
2.0036-2.09480.24011490.19792691284099
2.0948-2.20520.26961550.19092728288399
2.2052-2.34340.23171270.182227242851100
2.3434-2.52430.231590.177427132872100
2.5243-2.77830.22191280.17827652893100
2.7783-3.18020.21921480.172827692917100
3.1802-4.00620.16911450.15542800294599
4.0062-41.87880.17951350.16232943307899

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る