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- PDB-6is7: Structure of 9N-I DNA polymerase incorporation with dA in the act... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6is7
タイトルStructure of 9N-I DNA polymerase incorporation with dA in the active site
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*CP*A)-3')
  • DNA polymerase
キーワードTRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site ...DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Helix Hairpins / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus sp. 9oN-7 (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Linwu, S.W. / Maestre-Reyna, M. / Tsai, M.D. / Tu, Y.H. / Chang, W.H.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Thermococcus sp. 9°N DNA polymerase exhibits 3'-esterase activity that can be harnessed for DNA sequencing.
著者: LinWu, S.W. / Tu, Y.H. / Tsai, T.Y. / Maestre-Reyna, M. / Liu, M.S. / Wu, W.J. / Huang, J.Y. / Chi, H.W. / Chang, W.H. / Chiou, C.F. / Wang, A.H. / Lee, J. / Tsai, M.D.
履歴
登録2018年11月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
B: DNA polymerase
C: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
I: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
K: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*CP*A)-3')
L: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,06516
ポリマ－216,7849
非ポリマー2817
水3,819212
1
A: DNA polymerase
C: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
I: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
K: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,2437
ポリマ－111,1635
非ポリマー802
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA polymerase
E: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
L: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,8229
ポリマ－105,6214
非ポリマー2005
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.951, 106.767, 255.903
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22E
13D
23F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETLEULEUAA1 - 7551 - 755
21METMETLEULEUBB1 - 7551 - 755
12DGDGDADACC-12 - 21 - 15
22DGDGDADAEE-12 - 21 - 15
13DADADGDGDD1 - 181 - 18
23DADADGDGFF1 - 181 - 18

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 DNA polymerase


分子量: 90939.820 Da / 分子数: 2 / 変異: D141A, E143A, A485L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus sp. 9oN-7 (古細菌) / 株: 9oN-7 / 遺伝子: pol, polA
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q56366, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*CP*A)-3')


分子量: 4569.973 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 5541.591 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium Acetate pH4.6, MPD, Glycerol, CaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→46.29 Å / Num. obs: 63508 / % possible obs: 99.41 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.04708 / Net I/σ(I): 1.88
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.335 / Num. unique obs: 6242 / CC1/2: 0.703

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSNovember 1, 2016 built20161205データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K8X

4k8x


解像度: 2.8→46.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 33.444 / SU ML: 0.326 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.928 / ESU R Free: 0.372 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27625 3139 5 %RANDOM
Rwork0.22493 ---
obs0.22748 60118 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 81.663 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.59 Å20 Å2-0 Å2
2---2.78 Å2-0 Å2
3---4.37 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→46.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11606 1564 7 245 13422
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01213628
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2251.58318821
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1511.68426951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.14951511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.96120.904586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.782151850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1531587
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.21806
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023067
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0024.1476050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0024.1476049
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8176.2197559
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8176.2197560
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9614.0087578
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9614.0077577
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.7495.99811263
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.62844.1614989
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.62844.15814988
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A222410.07
12B222410.07
21C12810.05
22E12810.05
31D14400.07
32F14400.07
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 252 -
Rwork0.31 4354 -
obs--98.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.75890.26890.09786.4361-0.66561.9514-0.1331-0.2083-0.07590.16870.0560.71690.1906-0.43550.07710.62260.0534-0.10840.6059-0.10050.1871-24.226121.61240.586
23.8326-0.91040.30983.41310.29931.963-0.0568-0.21650.49570.05650.0293-0.1044-0.40550.03320.02740.83490.1009-0.23390.4702-0.05410.1852-4.19152.42246.342
31.98-0.26941.39450.8220.24231.4359-0.06680.0158-0.08860.05690.0893-0.04260.04440.0539-0.02250.76880.1213-0.13070.5013-0.06340.06312.237121.00141.124
43.6136-0.96160.73441.1312-0.22922.14960.09660.3957-0.2555-0.4260.0647-0.09290.10010.3569-0.16120.66470.0998-0.06880.4838-0.18820.105813.511114.57435.702
54.87260.4483-0.38973.43220.36774.26590.0616-0.04110.21440.18250.03-0.413-0.3720.4002-0.09160.7605-0.0068-0.22260.4604-0.07190.196222.894138.64160.674
66.47780.3341-1.11762.1245-0.37522.2693-0.11390.04830.34210.14840.0893-0.04-0.37840.0710.02450.61660.0317-0.01540.433-0.16060.132955.323204.1225.405
77.13620.36032.42452.60571.48892.84240.1609-0.2212-0.1296-0.26270.09960.9543-0.2543-0.6917-0.26050.87120.1447-0.07750.79010.10211.002717.116192.08319.331
81.3060.00031.67973.05931.13123.09680.178-0.2495-0.1796-0.3308-0.09721.126-0.0624-0.4107-0.08080.75730.1733-0.04640.6304-0.0480.587429.372186.07620.009
91.2492-0.1822-0.32545.3131-0.04991.35280.2435-0.309-0.12420.28360.0634-0.26170.11240.0952-0.30690.57510.0923-0.20780.551-0.07550.159158.61169.31328.978
102.9328-0.02420.70571.47550.583.29040.1788-0.015-0.3887-0.12970.09050.04640.3338-0.4509-0.26930.63880.0668-0.20450.5214-0.08940.181435.07159.2427.649
118.12557.6829-0.819629.34985.76918.93231.38390.08360.7609-0.36020.8021-1.4903-1.10150.1442-2.18590.7078-0.00310.08870.65570.02860.62329.326122.96981.327
1211.1554-1.7508-0.606611.2702-4.56832.02370.1073-0.1589-1.08090.01970.20240.96960.0666-0.0697-0.30960.61380.0236-0.21550.4792-0.03340.239416.294122.19266.772
1310.1163-3.9611-5.35325.08981.0982.87590.78810.75171.4125-0.2398-0.0791-1.6937-0.3987-0.405-0.7090.50420.1139-0.10030.5446-0.01220.363115.927125.18649.065
1428.1756-4.37871.03570.73130.18943.28220.5293-0.66960.0409-0.09180.1046-0.0415-0.5320.2323-0.63390.6801-0.01130.04610.4961-0.08910.33875.213120.82449.953
1525.67728.216-1.64227.43013.10430.64060.5069-0.4939-0.7719-1.5284-0.3292-1.892-0.3244-0.0195-0.17770.69990.069-0.07940.50980.00580.186419.467120.3556.023
165.91530.6614-5.145513.2034-0.996.43720.6075-0.29930.16060.65840.20511.3212-0.57550.274-0.81270.5228-0.0243-0.11930.52280.0530.437819.78125.53973.167
170.7303-1.3392-0.854810.43310.2251.6325-0.1933-0.434-0.2157-0.51320.2116-0.4686-0.10010.743-0.01831.01810.06250.26350.86960.01911.011332.493115.15983.528
1819.0489-1.4666.50113.7722-2.923213.73550.8053-0.27190.16440.03720.20241.35660.15460.3958-1.00780.62480.03980.12330.5322-0.08240.570746.995154.595-20.84
199.75975.31952.881323.65827.95227.78440.0561-0.3923-0.38730.07130.0357-0.99990.09050.1992-0.09170.54080.0042-0.01050.5399-0.07890.271352.718158.388-6.881
204.0643-3.1347-1.04549.1135-2.93984.35570.35260.21060.00290.00260.48720.3113-0.024-0.0435-0.83980.50780.0498-0.10860.3826-0.14540.254147.417166.6599.968
210.9745-2.52891.371624.5022-2.48952.64310.26930.14660.2723-0.8658-0.29880.46410.4373-0.2440.02950.61620.07970.02740.65940.12990.58152.737174.82515.28
2212.69411.90698.15552.87560.45125.50010.32810.0536-0.53110.23510.10460.22270.2689-0.0467-0.43280.59680.0264-0.09850.4894-0.15670.137348.727160.9045.7
2311.7758-4.1539-2.99362.5437-1.00444.7364-0.02410.45921.4637-0.12950.2181-0.64560.1594-0.75-0.19410.6762-0.03990.1130.6797-0.1970.354749.078163.196-11.805
245.9646-7.5182-0.22569.94110.440.06470.70320.28020.6074-0.7744-0.4538-1.4231-0.0384-0.066-0.24930.82420.01170.09850.739-0.04251.105858.076151.572-21.728
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 129
2X-RAY DIFFRACTION2A130 - 326
3X-RAY DIFFRACTION3A327 - 408
4X-RAY DIFFRACTION4A409 - 605
5X-RAY DIFFRACTION5A606 - 757
6X-RAY DIFFRACTION6B1 - 135
7X-RAY DIFFRACTION7B136 - 208
8X-RAY DIFFRACTION8B209 - 349
9X-RAY DIFFRACTION9B350 - 577
10X-RAY DIFFRACTION10B578 - 756
11X-RAY DIFFRACTION11C-12 - -8
12X-RAY DIFFRACTION12C-7 - -2
13X-RAY DIFFRACTION13C-1 - 2
14X-RAY DIFFRACTION14D1 - 4
15X-RAY DIFFRACTION15D5 - 8
16X-RAY DIFFRACTION16D9 - 14
17X-RAY DIFFRACTION17D15 - 18
18X-RAY DIFFRACTION18E-12 - -9
19X-RAY DIFFRACTION19E-8 - -5
20X-RAY DIFFRACTION20E-4 - 2
21X-RAY DIFFRACTION21F1 - 4
22X-RAY DIFFRACTION22F5 - 10
23X-RAY DIFFRACTION23F11 - 14
24X-RAY DIFFRACTION24F15 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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