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- PDB-6is2: Crystal Structure of Staphylococcus aureus response regulator Arl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6is2
タイトルCrystal Structure of Staphylococcus aureus response regulator ArlR receiver domain in complex with Mg
要素Response regulator ArlR
キーワードSIGNALING PROTEIN / two-component regulatory system
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Response regulator ArlR
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.591 Å
データ登録者Wen, Y. / Ouyang, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of ChinaNO.31870132, NO.81741088 and NO.31500051 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Deciphering the activation and recognition mechanisms of Staphylococcus aureus response regulator ArlR.
著者: Ouyang, Z. / Zheng, F. / Chew, J.Y. / Pei, Y. / Zhou, J. / Wen, K. / Han, M. / Lemieux, M.J. / Hwang, P.M. / Wen, Y.
履歴
登録2018年11月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.22020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Response regulator ArlR
B: Response regulator ArlR
C: Response regulator ArlR
D: Response regulator ArlR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,09611
ポリマ－59,5954
非ポリマー5017
水9,296516
1
A: Response regulator ArlR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0193
ポリマ－14,8991
非ポリマー1202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6580 Å2
手法PISA
2
B: Response regulator ArlR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9232
ポリマ－14,8991
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6550 Å2
手法PISA
3
C: Response regulator ArlR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1613
ポリマ－14,8991
非ポリマー2632
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6210 Å2
手法PISA
4
D: Response regulator ArlR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9923
ポリマ－14,8991
非ポリマー932
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.589, 45.795, 61.847
Angle α, β, γ (deg.)99.72, 102.26, 86.50
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Response regulator ArlR


分子量: 14898.812 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 遺伝子: arlR, SAB1271c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2YY03

-
非ポリマー , 5種, 523分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH 7.5 and 25%(w/v) Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→31.7 Å / Num. obs: 58295 / % possible obs: 94.33 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.59→1.65 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.591→31.7 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 20.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1883 2008 3.44 %
Rwork0.1553 --
obs0.1564 58294 94.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.591→31.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3877 0 29 516 4422
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093964
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0385373
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0082437
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062623
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007695
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5906-1.63040.26451090.21942797X-RAY DIFFRACTION65
1.6304-1.67440.26211440.20284063X-RAY DIFFRACTION95
1.6744-1.72370.22251380.20234046X-RAY DIFFRACTION95
1.7237-1.77930.26271540.18994063X-RAY DIFFRACTION96
1.7793-1.84290.21771450.18774103X-RAY DIFFRACTION96
1.8429-1.91670.2431460.18024139X-RAY DIFFRACTION96
1.9167-2.00390.22751520.16554075X-RAY DIFFRACTION96
2.0039-2.10950.20941380.16464137X-RAY DIFFRACTION96
2.1095-2.24170.17191510.15544115X-RAY DIFFRACTION97
2.2417-2.41470.20441380.14974183X-RAY DIFFRACTION97
2.4147-2.65760.17931580.1584127X-RAY DIFFRACTION97
2.6576-3.04190.18631470.15334115X-RAY DIFFRACTION97
3.0419-3.83140.19961450.13944183X-RAY DIFFRACTION97
3.8314-31.72080.13341430.13714140X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.0779 Å / Origin y: 9.739 Å / Origin z: -1.9616 Å
111213212223313233
T0.1274 Å20.0339 Å2-0.0056 Å2-0.0971 Å2-0.02 Å2--0.1358 Å2
L0.5742 °20.227 °2-0.0781 °2-0.2552 °2-0.1032 °2--0.5743 °2
S0.0168 Å °0.0169 Å °-0.0176 Å °0.0062 Å °0.0127 Å °-0.0012 Å °-0.0436 Å °-0.0006 Å °-0.0179 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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