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万見
- PDB-6irp: Crystal structure of HigA from Shigella flexneri -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6irp
タイトルCrystal structure of HigA from Shigella flexneri
要素Antitoxin HigA
キーワードANTITOXIN / Antoxin
機能・相同性Antitoxin HigA / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / Antitoxin HigA
機能・相同性情報
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.954 Å
データ登録者Yoon, W.S. / Seok, S.H. / Seo, M.D.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2019
タイトル: Structural changes of antitoxin HigA from Shigella flexneri by binding of its cognate toxin HigB.
著者: Yoon, W.S. / Seok, S.H. / Won, H.S. / Cho, T. / Lee, S.J. / Seo, M.D.
履歴
登録2018年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antitoxin HigA
B: Antitoxin HigA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4862
ポリマ－30,4862
非ポリマー00
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area16590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.366, 80.366, 90.385
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-207-

HOH

21A-262-

HOH

31A-268-

HOH

41B-203-

HOH

51B-265-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Antitoxin HigA


分子量: 15242.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: higA, SF3122, S3329 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P67703
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG3350, 0.1M HEPES pH 7.5 , 0.2 M lithium sulfate monohydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 24365 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PHENIX1.10.1_2155位相決定
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 1.954→34.799 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2306 1998 8.21 %
Rwork0.2058 --
obs0.2079 24325 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.954→34.799 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2086 0 0 157 2243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072120
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8352876
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d111302
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047344
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005370
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9542-2.00310.29671400.23281568X-RAY DIFFRACTION99
2.0031-2.05730.26381390.22621581X-RAY DIFFRACTION100
2.0573-2.11780.27251400.20431603X-RAY DIFFRACTION100
2.1178-2.18610.17841390.2021556X-RAY DIFFRACTION100
2.1861-2.26430.24271420.20251593X-RAY DIFFRACTION100
2.2643-2.35490.22441410.19141601X-RAY DIFFRACTION100
2.3549-2.4620.23641430.20231577X-RAY DIFFRACTION100
2.462-2.59180.25321430.20811617X-RAY DIFFRACTION100
2.5918-2.75410.24761420.20951588X-RAY DIFFRACTION100
2.7541-2.96670.20331430.21071596X-RAY DIFFRACTION100
2.9667-3.2650.24131460.21031583X-RAY DIFFRACTION100
3.265-3.7370.21731460.20251611X-RAY DIFFRACTION100
3.737-4.70640.18731430.18011631X-RAY DIFFRACTION100
4.7064-34.8050.26631510.22891622X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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