PDB-6iqt: Crystal Structure of CagV, a VirB8 homolog of T4SS from Helicobac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6iqt

タイトル

Crystal Structure of CagV, a VirB8 homolog of T4SS from Helicobacter pylori Strain 26695

要素

Cag pathogenicity island protein (Cag10)

キーワード

PROTEIN BINDING / Helicobacter pylori / Cag pathogenicity island / type IV secretion system / VirB8 / CagV / Crystal structure

機能・相同性

Bacterial virulence protein VirB8 / VirB8 protein / NTF2-like domain superfamily / membrane => GO:0016020 / Cag pathogenicity island protein (Cag10)

機能・相同性情報

生物種

Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.922 Å

データ登録者

Wu, X. / Zhao, Y. / Sun, L. / Jiang, M. / Wang, Q. / Wang, Q. / Yang, W. / Wu, Y.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of CagV, the Helicobacter pylori homologue of the T4SS protein VirB8.
著者: Wu, X. / Zhao, Y. / Sun, L. / Jiang, M. / Wang, Q. / Wang, Q. / Yang, W. / Wu, Y.

履歴

登録	2018年11月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年4月29日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6iqt.cif.gz	229.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6iqt.ent.gz	191.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6iqt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6iqt_validation.pdf.gz	460.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6iqt_full_validation.pdf.gz	465.6 KB	表示
XML形式データ	6iqt_validation.xml.gz	23.8 KB	表示
CIF形式データ	6iqt_validation.cif.gz	34 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/6iqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/6iqt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4gfm-d 6lyj-2 4d0w-d 5hx8-2 3ckp-1 4hok-5 6vnl-3 2v62-1 4ytc-d 6glb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cag pathogenicity island protein (Cag10)

B: Cag pathogenicity island protein (Cag10)

C: Cag pathogenicity island protein (Cag10)

D: Cag pathogenicity island protein (Cag10)

77.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cag pathogenicity island protein (Cag10)

B: Cag pathogenicity island protein (Cag10)

登録者が定義した集合体
根拠: cross-linking
38.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Cag pathogenicity island protein (Cag10)

D: Cag pathogenicity island protein (Cag10)

登録者が定義した集合体
38.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.026, 96.851, 99.148
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cag pathogenicity island protein (Cag10) 分子量: 19356.164 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 74-229 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) 株: 26695 / 遺伝子: HP_0530 / プラスミド: Pet32a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O25265
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Cag pathogenicity island protein (Cag10)

分子量: 19356.164 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 74-229 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
株: 26695 / 遺伝子: HP_0530 / プラスミド: Pet32a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O25265

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.41 % / 解説: diamon
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 10% PEG2000MME(v/v), 0.3M trimethymaline n-oxidedehydrate, 0.1M Tris-HCl pH 8.5 buffer PH範囲: 8.0-8.7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: AichiSR

/ ビームライン: BL2S1 / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.922→50 Å / Num. obs: 49731 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 0.161 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.167 / Χ²: 1.36 / Net I/σ(I): 10.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.93-1.96	5.7	2.092	1629	0.301	0.85	2.274	1.101	65.1
1.96-2	9.7	1.572	2483	0.759	0.52	1.658	1.121	100
2-2.04	12	1.3	2486	0.851	0.392	1.358	1.222	100
2.04-2.08	13.3	1.182	2523	0.882	0.339	1.23	1.234	100
2.17-2.23	14	0.657	2496	0.954	0.184	0.683	1.384	100
2.23-2.29	13.9	0.549	2517	0.962	0.154	0.571	1.425	100
2.29-2.36	14	0.475	2491	0.97	0.133	0.493	1.431	100
2.36-2.43	14	0.404	2547	0.975	0.113	0.42	1.43	100
2.43-2.52	14.1	0.336	2494	0.98	0.094	0.349	1.43	100
2.52-2.62	14	0.279	2518	0.986	0.078	0.289	1.463	100
2.62-2.74	14	0.231	2510	0.988	0.064	0.24	1.44	100
2.74-2.88	14	0.2	2522	0.989	0.056	0.208	1.448	100
2.88-3.06	14	0.171	2529	0.988	0.048	0.177	1.456	100
3.06-3.3	13.9	0.149	2557	0.991	0.042	0.155	1.482	100
3.3-3.63	13.8	0.139	2549	0.99	0.039	0.145	1.55	100
3.63-4.16	13.6	0.134	2575	0.992	0.037	0.139	1.543	100
4.16-5.24	13	0.11	2605	0.994	0.032	0.115	1.185	100
5.24-50	12.2	0.092	2728	0.994	0.028	0.096	0.869	99.3

Serial crystallography sample delivery

手法: fixed target

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-2000		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.922→49.574 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.89

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2108	2346	4.8 %
R_work	0.1841	-	-
obs	0.1854	48899	98.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 131.41 Å² / B_iso mean: 37.3744 Å² / B_iso min: 16.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.922→49.574 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4350	0	0	319	4669
B_iso mean	-	-	-	43.38	-
残基数	-	-	-	-	527

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4422
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.86	5953
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	682
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	753
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.143	2703

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9221-1.9614	0.3453	90	0.2521	1886	1976	69
1.9614-2.004	0.2532	124	0.2259	2747	2871	100
2.004-2.0506	0.282	127	0.2142	2789	2916	100
2.0506-2.1019	0.2514	123	0.2071	2779	2902	100
2.1019-2.1587	0.2473	143	0.1981	2748	2891	100
2.1587-2.2223	0.2338	137	0.1931	2741	2878	100
2.2223-2.294	0.24	162	0.1883	2732	2894	100
2.294-2.376	0.2581	153	0.1908	2760	2913	100
2.376-2.4711	0.2312	163	0.187	2758	2921	100
2.4711-2.5836	0.1999	132	0.1916	2775	2907	100
2.5836-2.7198	0.2304	157	0.1903	2773	2930	100
2.7198-2.8902	0.2114	127	0.193	2788	2915	100
2.8902-3.1133	0.2306	133	0.1915	2823	2956	100
3.1133-3.4265	0.228	129	0.1816	2807	2936	100
3.4265-3.9222	0.1738	162	0.1673	2812	2974	100
3.9222-4.9408	0.1688	127	0.1565	2877	3004	100
4.9408-49.5905	0.2041	157	0.193	2958	3115	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 30.1712 Å / Origin y: 7.7428 Å / Origin z: -11.97 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1811 Å²	-0.0183 Å²	0.0144 Å²	-	0.1947 Å²	-0.01 Å²	-	-	0.2156 Å²
L	0.2885 °²	-0.1068 °²	-0.2657 °²	-	0.2807 °²	0.1816 °²	-	-	0.6851 °²
S	-0.0315 Å °	0.0084 Å °	-0.0312 Å °	-0.0084 Å °	0.0178 Å °	0.041 Å °	0.0226 Å °	-0.0291 Å °	0.0007 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	86 - 228
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	92 - 228
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	91 - 228
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	88 - 228
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 319

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