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Yorodumi- PDB-6iqt: Crystal Structure of CagV, a VirB8 homolog of T4SS from Helicobac... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6iqt | ||||||
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Title | Crystal Structure of CagV, a VirB8 homolog of T4SS from Helicobacter pylori Strain 26695 | ||||||
Components | Cag pathogenicity island protein (Cag10) | ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / Helicobacter pylori / Cag pathogenicity island / type IV secretion system / VirB8 / CagV / Crystal structure | ||||||
Function / homology | Bacterial virulence protein VirB8 / VirB8 protein / NTF2-like domain superfamily / membrane => GO:0016020 / Cag pathogenicity island protein (Cag10) Function and homology information | ||||||
Biological species | Helicobacter pylori 26695 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.922 Å | ||||||
Authors | Wu, X. / Zhao, Y. / Sun, L. / Jiang, M. / Wang, Q. / Wang, Q. / Yang, W. / Wu, Y. | ||||||
Citation | Journal: Febs J. / Year: 2019 Title: Crystal structure of CagV, the Helicobacter pylori homologue of the T4SS protein VirB8. Authors: Wu, X. / Zhao, Y. / Sun, L. / Jiang, M. / Wang, Q. / Wang, Q. / Yang, W. / Wu, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6iqt.cif.gz | 229.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6iqt.ent.gz | 191.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6iqt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6iqt_validation.pdf.gz | 460.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6iqt_full_validation.pdf.gz | 465.6 KB | Display | |
Data in XML | 6iqt_validation.xml.gz | 23.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6iqt_validation.cif.gz | 34 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/6iqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/6iqt | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19356.164 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 74-229 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Helicobacter pylori 26695 (bacteria) / Strain: 26695 / Gene: HP_0530 / Plasmid: Pet32a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: O25265 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.41 % / Description: diamon |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 10% PEG2000MME(v/v), 0.3M trimethymaline n-oxidedehydrate, 0.1M Tris-HCl pH 8.5 buffer PH range: 8.0-8.7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: AichiSR / Beamline: BL2S1 / Wavelength: 0.97915 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 18, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.922→50 Å / Num. obs: 49731 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.167 / Χ2: 1.36 / Net I/σ(I): 10.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Serial crystallography sample delivery | Method: fixed target |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.922→49.574 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.89
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 131.41 Å2 / Biso mean: 37.3744 Å2 / Biso min: 16.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.922→49.574 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 30.1712 Å / Origin y: 7.7428 Å / Origin z: -11.97 Å
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Refinement TLS group |
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