+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6iqo | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Se-Met L45M Programmed Cell Death 5 protein from Sulfolobus solfataricus | ||||||
![]() | DNA-binding protein SSO0352 | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / Sulfolobus / programmed cell death | ||||||
機能・相同性 | DNA-binding protein, archaeal / PDCD5-like / PDCD5-like superfamily / Double-stranded DNA-binding domain / DNA binding / cytosol / DNA-binding protein SSO0352![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, C.Y. / Lin, K.F. / Hsu, C.Y. / Tsai, M.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the programmed cell death 5 protein from Sulfolobus solfataricus. 著者: Lin, K.F. / Hsu, J.Y. / Hsieh, D.L. / Tsai, M.J. / Yeh, C.H. / Chen, C.Y. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 41.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 609.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 613.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15018.758 Da / 分子数: 2 / 変異: L45M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: SSO0352 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-2PE / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.26 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 0.2 M NaCl, 25 % PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月31日 |
放射 | モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.11→30 Å / Num. obs: 15111 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 41.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 1.168 / Net I/σ(I): 30.13 |
反射 シェル | 解像度: 2.11→2.21 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 4.09 / Num. unique obs: 1410 / CC1/2: 0.928 / Rpim(I) all: 0.168 / Rrim(I) all: 0.414 / Χ2: 1.012 / % possible all: 92.3 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.61 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.11→19.95 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|