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- PDB-6iqe: Human prohibitin 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iqe
タイトルHuman prohibitin 2
要素Prohibitin-2
キーワードPROTEIN BINDING / Mitochondrial function and morphology / Transcriptional modulation / coiled coil
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial prohibitin complex / regulation of cardiolipin metabolic process / regulation of cytochrome-c oxidase activity / amide binding / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / sphingolipid binding / Processing of SMDT1 / Cellular response to mitochondrial stress / positive regulation of exit from mitosis ...mitochondrial prohibitin complex / regulation of cardiolipin metabolic process / regulation of cytochrome-c oxidase activity / amide binding / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / sphingolipid binding / Processing of SMDT1 / Cellular response to mitochondrial stress / positive regulation of exit from mitosis / RIG-I signaling pathway / CD40 signaling pathway / mammary gland branching involved in thelarche / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / activation of protein kinase C activity / sister chromatid cohesion / mammary gland epithelial cell proliferation / positive regulation of immunoglobulin production / presynaptic active zone / B cell activation / mitophagy / mammary gland alveolus development / GABA-ergic synapse / cellular response to retinoic acid / antiviral innate immune response / estrogen receptor signaling pathway / cell periphery / mitochondrion organization / nuclear estrogen receptor binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / nuclear matrix / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / protein import into nucleus / cell migration / cellular response to hypoxia / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / postsynaptic density / protein stabilization / protein heterodimerization activity / axon / negative regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / negative regulation of apoptotic process / cell surface / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Prohibitin / Band 7 domain / SPFH domain / Band 7 family / prohibitin homologues / Band 7/SPFH domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.701 Å
データ登録者Hirano, Y. / Koshiba, T. / Tamada, T.
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Mitochondrial Scaffolds by Prohibitin Complexes: Insight into a Role of the Coiled-Coil Region.
著者: Yoshinaka, T. / Kosako, H. / Yoshizumi, T. / Furukawa, R. / Hirano, Y. / Kuge, O. / Tamada, T. / Koshiba, T.
履歴
登録2018年11月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prohibitin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8181
ポリマ－9,8181
非ポリマー00
水1,35175
1
A: Prohibitin-2

A: Prohibitin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6362
ポリマ－19,6362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_455-x-1,y,-z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area9550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.142, 65.142, 62.288
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-368-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Prohibitin-2 / B-cell receptor-associated protein BAP37 / D-prohibitin / Repressor of estrogen receptor activity


分子量: 9818.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHB2, BAP, REA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99623
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5 / 詳細: 1.0 M (NH4)Cl, 0.1 M Na-acetate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 15289 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.3 % / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TQL

4tql


解像度: 1.701→46.062 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.36 / 位相誤差: 29.1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2389 745 4.88 %RANDOM
Rwork0.2159 ---
obs0.217 15264 99.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.701→46.062 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数456 0 0 75 531
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008483
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.918646
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.96196
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03568
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00389
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7011-1.83240.35171300.34122833X-RAY DIFFRACTION100
1.8324-2.01680.31691640.27762836X-RAY DIFFRACTION100
2.0168-2.30860.20281550.19862874X-RAY DIFFRACTION100
2.3086-2.90860.20411420.19622905X-RAY DIFFRACTION100
2.9086-46.07920.23641540.20223071X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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