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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ipv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CqsB2 from Streptomyces exfoliatus 2419-SVT2 (apo form) | ||||||
![]() | CqsB2 | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Carquinostatin A biosynthesis / polyketide aromatase/cyclase | ||||||
機能・相同性 | START-like domain superfamily / SRPBCC family protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tomita, T. / Kobayashi, M. / Nishiyama, M. / Kuzuyama, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: An Unprecedented Cyclization Mechanism in the Biosynthesis of Carbazole Alkaloids in Streptomyces. 著者: Kobayashi, M. / Tomita, T. / Shin-Ya, K. / Nishiyama, M. / Kuzuyama, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 191.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 155.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27645.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | The sequence has been deposited to DDBJ with accession code LC406090. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.92 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl (pH8.5), 30% (w/v) PEG 4000, 0.2M LiSO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→125.72 Å / Num. obs: 53154 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.7 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.278 / Num. unique obs: 2605 / CC1/2: 0.879 / Rpim(I) all: 0.266 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.843 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.2→125.72 Å
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拘束条件 |
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