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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ipi | ||||||
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タイトル | Binary Complex of Human DNA Polymerase Mu with MndCTP | ||||||
![]() | DNA-directed DNA/RNA polymerase mu | ||||||
![]() | TRANSFERASE / DNA Polymerase Mu / DNA break repair / Transferase-dNTP complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, Y.K. / Wu, W.J. / Tsai, M.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Human DNA Polymerase mu Can Use a Noncanonical Mechanism for Multiple Mn2+-Mediated Functions. 著者: Chang, Y.K. / Huang, Y.P. / Liu, X.X. / Ko, T.P. / Bessho, Y. / Kawano, Y. / Maestre-Reyna, M. / Wu, W.J. / Tsai, M.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 155.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 119.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 779.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 779.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5zlcC ![]() 6aecC ![]() 6aehC ![]() 6ak5C ![]() 6ak6C ![]() 6ak8C ![]() 6ak9C ![]() 6akhC ![]() 6ipdC ![]() 6ipeC ![]() 6ipfC ![]() 6ipgC ![]() 6iphC ![]() 6ipjC ![]() 6ipkC ![]() 6iplC ![]() 6ipmC ![]() 6ipnC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40054.434 Da / 分子数: 1 / 変異: deletions 398-410 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-DCP / | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.5 M Li2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 37275 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7.8 % / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 43.09 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.16 / Num. unique obs: 3630 / Rpim(I) all: 0.164 / Rrim(I) all: 0.463 / % possible all: 98.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.669 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→30 Å
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拘束条件 |
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