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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ip3 | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of human telomeric DNA at 1.4 Angstroms resolution | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / Human telomere / parallel G-quadruplex | 機能・相同性 | : / DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Saikrishnan, K. / Nuthanakanti, A. / Srivatsan, S.G. / Ahmad, I. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Probing G-quadruplex topologies and recognition concurrently in real time and 3D using a dual-app nucleoside probe. 著者: Nuthanakanti, A. / Ahmed, I. / Khatik, S.Y. / Saikrishnan, K. / Srivatsan, S.G. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 50.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 373 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 373 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6983.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.57 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.05M sodium cacodylate (pH = 7.2), 0.4M ammonium sulfate, 0.05M KCl, 0.01M CaCl2, 15% PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→30 Å / Num. obs: 15493 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 777 / Rsym value: 0.88 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1KF1 解像度: 1.4→28.42 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 19.65
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→28.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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