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万見
- PDB-6io0: Human IDH1 R132C mutant complexed with compound A. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6io0
タイトルHuman IDH1 R132C mutant complexed with compound A.
要素Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
キーワードOXIDOREDUCTASE / ISO-CITRATE DEHYDROGENASE / ALLOSTERIC INHIBITOR / NADPH
機能・相同性
機能・相同性情報


Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / NADP+ metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process ...Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / NADP+ metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process / glyoxylate cycle / response to steroid hormone / female gonad development / peroxisomal matrix / tricarboxylic acid cycle / glutathione metabolic process / Peroxisomal protein import / NAD binding / tertiary granule lumen / peroxisome / NADP binding / secretory granule lumen / response to oxidative stress / ficolin-1-rich granule lumen / cadherin binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AOU / CITRIC ACID / Chem-NDP / Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Suzuki, M. / Baba, D. / Hanzawa, H.
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2020
タイトル: A Potent Blood-Brain Barrier-Permeable Mutant IDH1 Inhibitor Suppresses the Growth of Glioblastoma with IDH1 Mutation in a Patient-Derived Orthotopic Xenograft Model.
著者: Machida, Y. / Nakagawa, M. / Matsunaga, H. / Yamaguchi, M. / Ogawara, Y. / Shima, Y. / Yamagata, K. / Katsumoto, T. / Hattori, A. / Itoh, M. / Seki, T. / Nishiya, Y. / Nakamura, K. / Suzuki, ...著者: Machida, Y. / Nakagawa, M. / Matsunaga, H. / Yamaguchi, M. / Ogawara, Y. / Shima, Y. / Yamagata, K. / Katsumoto, T. / Hattori, A. / Itoh, M. / Seki, T. / Nishiya, Y. / Nakamura, K. / Suzuki, K. / Imaoka, T. / Baba, D. / Suzuki, M. / Sampetrean, O. / Saya, H. / Ichimura, K. / Kitabayashi, I.
履歴
登録2018年10月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,01116
ポリマ－93,3322
非ポリマー3,67914
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9840 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area33070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.750, 82.750, 296.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDP / NADP(+)-specific ICDH


分子量: 46666.172 Da / 分子数: 2 / 変異: R132C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH1, PICD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75874, isocitrate dehydrogenase (NADP+)

-
非ポリマー , 5種, 263分子

#2: 化合物 ChemComp-AOU / (2E)-3-{3-[3-(2,6-dichlorophenyl)-5-(propan-2-yl)-1,2-oxazole-4-carbonyl]-1-methyl-1H-indol-7-yl}prop-2-enoic acid


分子量: 483.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H20Cl2N2O4
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.5M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 2.5mM DTT. micro-seeding.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→79.7 Å / Num. obs: 50571 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 174645 / Scaling rejects: 47
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.2-2.272.80.52529620.5580.3610.64166.3
9.07-79.730.0298970.9980.0190.03599

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 7.303 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.217 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2548 2526 5 %RANDOM
Rwork0.1895 ---
obs0.1928 47969 94.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.46 Å2 / Biso mean: 42.932 Å2 / Biso min: 20.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.94 Å2-0 Å2
3----1.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6170 0 243 249 6662
Biso mean--56.05 45.15 -
残基数----800
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0126548
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5051.6528876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0865794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.82623.624298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.769151070
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3441524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2869
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024924
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.277 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 173 -
Rwork0.302 3177 -
all-3350 -
obs--65.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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