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- PDB-6inx: Structural insights into a novel glycoside hydrolase family 18 N-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6inx
タイトルStructural insights into a novel glycoside hydrolase family 18 N-acetylglucosaminidase from Paenibacillus barengoltzii
要素N-acetylglucosaminidase
キーワードHYDROLASE / N-acetylglucosaminidase / GH18 / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase activity / beta-N-acetylhexosaminidase / N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / chitin binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 18 / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases ...Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 18 / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Roll / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-N-acetylglucosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Paenibacillus barengoltzii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.429 Å
データ登録者Jiang, Z. / Ma, J. / Huang, P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into a novel glycoside hydrolase family 18 N-acetylglucosaminidase from Paenibacillus barengoltzii
著者: Jiang, Z.Q. / Ma, J.W. / Huang, P.
履歴
登録2018年10月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylglucosaminidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0321
ポリマ－39,0321
非ポリマー00
水6,593366
1
A: N-acetylglucosaminidase

A: N-acetylglucosaminidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,0632
ポリマ－78,0632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area25480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.890, 76.300, 61.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.79, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-742-

HOH

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要素

#1: タンパク質 N-acetylglucosaminidase


分子量: 39031.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus barengoltzii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A482G4C5*PLUS, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.07M sodium acetate trihydrate, 5.6% w/v polyethylene glycol 4000, 30% v/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 90-100 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.429→38.15 Å / Num. obs: 81007 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 9.023
反射 シェル解像度: 1.429→1.429 Å / Rmerge(I) obs: 0.036 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.016

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2474: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GZU

5gzu


解像度: 1.429→38.15 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.88 / 位相誤差: 21.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 3241 5.25 %
Rwork0.181 --
obs0.1822 81006 97.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.429→38.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2702 0 0 366 3068
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052766
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8413748
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.5381001
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084393
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005491
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4293-1.45070.30871120.32332300X-RAY DIFFRACTION90
1.4507-1.47330.25081270.29022531X-RAY DIFFRACTION97
1.4733-1.49750.29181630.26042583X-RAY DIFFRACTION98
1.4975-1.52330.28011680.24892503X-RAY DIFFRACTION98
1.5233-1.5510.23131710.2252520X-RAY DIFFRACTION98
1.551-1.58080.22831570.21012545X-RAY DIFFRACTION98
1.5808-1.61310.22551340.19952532X-RAY DIFFRACTION98
1.6131-1.64820.23711360.18932529X-RAY DIFFRACTION98
1.6482-1.68650.23871260.19182569X-RAY DIFFRACTION98
1.6865-1.72870.22911130.1842563X-RAY DIFFRACTION97
1.7287-1.77540.19911380.19272523X-RAY DIFFRACTION96
1.7754-1.82770.23441490.19422551X-RAY DIFFRACTION98
1.8277-1.88670.21881530.18112567X-RAY DIFFRACTION99
1.8867-1.95410.2261590.17132566X-RAY DIFFRACTION99
1.9541-2.03230.19271430.17292610X-RAY DIFFRACTION99
2.0323-2.12480.19661350.16612595X-RAY DIFFRACTION99
2.1248-2.23680.19181340.16592574X-RAY DIFFRACTION99
2.2368-2.3770.17031010.16592609X-RAY DIFFRACTION98
2.377-2.56050.19991250.17182496X-RAY DIFFRACTION95
2.5605-2.8180.18421220.16832637X-RAY DIFFRACTION99
2.818-3.22560.18061620.16382583X-RAY DIFFRACTION99
3.2256-4.06320.17021590.15482520X-RAY DIFFRACTION97
4.0632-38.16360.20551540.18632441X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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