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万見
- PDB-6ime: Rv2361c complex with substrate analogues -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ime
タイトルRv2361c complex with substrate analogues
要素Decaprenyl diphosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / decaprenyl diphosphate synthesis / substrate binding mode / catalytic mechanism / rossmann-like fold / butterfly
機能・相同性
機能・相同性情報


trans,polycis-decaprenyl diphosphate synthase / all-trans-nonaprenyl-diphosphate synthase (geranyl-diphosphate specific) activity / ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific] / Z-farnesyl diphosphate synthase activity / dehydrodolichyl diphosphate synthase activity / di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Undecaprenyl pyrophosphate synthetase / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site / Undecaprenyl pyrophosphate synthase family signature. / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / Chem-ISY / Decaprenyl diphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Ko, T.-P. / Guo, R.-T. / Chen, C.-C. / Liu, W.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan)AS-KPQ-105-TPP 台湾
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Substrate-analogue complex structure of Mycobacterium tuberculosis decaprenyl diphosphate synthase.
著者: Ko, T.-P. / Xiao, X. / Guo, R.-T. / Huang, J.-W. / Liu, W. / Chen, C.-C.
履歴
登録2018年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Decaprenyl diphosphate synthase
B: Decaprenyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,99211
ポリマ－67,6792
非ポリマー1,3139
水13,097727
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6990 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area22860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.711, 89.120, 94.445
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Decaprenyl diphosphate synthase / DecaPP / Decaprenyl pyrophosphate synthase / Long-chain isoprenyl diphosphate synthase / Trans / ...DecaPP / Decaprenyl pyrophosphate synthase / Long-chain isoprenyl diphosphate synthase / Trans / polycis-decaprenyl diphosphate synthase


分子量: 33839.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: uppS, Rv2361c, MTCY27.19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WFF7, trans,polycis-decaprenyl diphosphate synthase, ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific]

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非ポリマー , 8種, 736分子

#2: 化合物 ChemComp-GST / GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / S-[(2E)-3,7-DIMETHYLOCTA-2,6-DIENYL] TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / (2E)-3,7-ジメチル-2,6-オクタジエン-1-チオ-ル二りん酸


分子量: 330.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H20O6P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: CO3
#6: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O2S2
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-ISY / 3-methylbut-3-enylsulfanyl(phosphonooxy)phosphinic acid / Isopentyl S-Thiolodiphosphate / P′-チオ二りん酸S-(3-メチル-3-ブテニル)


分子量: 262.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O6P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 727 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 10% GLYCEROL, 25% PEG 400, 7% PEG 3000, 1mM ISPP, 1mM GSPP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→25 Å / Num. obs: 95419 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 48.7
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 9410 / CC1/2: 0.981 / Rpim(I) all: 0.186 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ONC

4onc


解像度: 1.55→24.411 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.167 2008 2.11 %
Rwork0.1454 --
obs0.1458 95335 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→24.411 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4592 0 73 727 5392
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134895
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3476646
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7462950
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08678
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009875
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.58870.20591330.18736461X-RAY DIFFRACTION98
1.5887-1.63170.1931480.17336594X-RAY DIFFRACTION100
1.6317-1.67970.18061430.15986592X-RAY DIFFRACTION100
1.6797-1.73390.19681450.15756614X-RAY DIFFRACTION100
1.7339-1.79580.16781470.14976631X-RAY DIFFRACTION100
1.7958-1.86770.1711300.14946635X-RAY DIFFRACTION100
1.8677-1.95270.15791460.14146618X-RAY DIFFRACTION100
1.9527-2.05560.16411410.1346678X-RAY DIFFRACTION100
2.0556-2.18430.16651510.13846674X-RAY DIFFRACTION100
2.1843-2.35280.17161370.1396687X-RAY DIFFRACTION100
2.3528-2.58930.17481490.14746677X-RAY DIFFRACTION100
2.5893-2.96340.18481430.14556757X-RAY DIFFRACTION100
2.9634-3.73150.15461430.13456784X-RAY DIFFRACTION100
3.7315-24.41360.15471520.15016925X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04490.01840.10080.5144-0.5190.6338-0.0362-0.1912-0.00370.07160.02160.0546-0.05730.01180.00020.15150.02820.01210.1948-0.00610.105436.681224.311660.6748
20.67420.4072-0.02170.5246-0.40680.6403-0.0527-0.0284-0.0522-0.02140.07620.10030.0802-0.07180.00450.14670.01720.03670.16430.01160.169822.700921.140251.2086
30.4145-0.16390.29760.2178-0.37340.8532-0.0431-0.00360.10610.0290.0278-0.0198-0.07110.02180.00370.14890.00530.00670.14580.00610.160329.803933.606741.7975
40.49930.18780.03570.7447-0.55510.6688-0.01410.01570.0164-0.0949-0.1292-0.22120.00510.1139-0.07890.1458-0.00870.03330.14330.03090.18952.90336.299517.0628
50.30810.02160.040.6605-0.20170.1982-0.02060.08380.0649-0.03350.01310.0332-0.0303-0.027700.1646-0.00360.00850.14330.01640.156137.860644.75117.8276
60.25380.0568-0.40180.2039-0.19760.2894-0.01910.04-0.0167-0.01050.0112-0.02930.0211-0.01490.00490.139-0.0134-0.00190.13680.00530.146634.047531.599727.7676
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 12 through 110 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 111 through 196 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 197 through 296 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 12 through 110 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 111 through 196 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 197 through 296 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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