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- PDB-6im8: CueO-PM2 multicopper oxidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6im8
タイトルCueO-PM2 multicopper oxidase
要素Blue copper oxidase CueO,PM2 peptide,Blue copper oxidase CueO
キーワードOXIDOREDUCTASE / Multicopper oxidase / Laccase
機能・相同性
機能・相同性情報


cuproxidase / oxidoreductase activity, acting on metal ions, oxygen as acceptor / oxidoreductase activity, acting on metal ions / detoxification of copper ion / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / response to copper ion / ferroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins ...Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Multicopper oxidase CueO
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Wongsantichon, J. / Robinson, R. / Ghadessy, F.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
シンガポール
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Development and structural characterization of an engineered multi-copper oxidase reporter of protein-protein interactions.
著者: Sana, B. / Chee, S.M.Q. / Wongsantichon, J. / Raghavan, S. / Robinson, R.C. / Ghadessy, F.J.
履歴
登録2018年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Blue copper oxidase CueO,PM2 peptide,Blue copper oxidase CueO


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8471
ポリマ－55,8471
非ポリマー00
水9,170509
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area17630 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)50.343, 90.961, 60.425
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Blue copper oxidase CueO,PM2 peptide,Blue copper oxidase CueO / Copper efflux oxidase


分子量: 55846.766 Da / 分子数: 1 / 変異: M358I / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chimera protein CueO-PM2 multicopper oxidase
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) synthetic construct (人工物)
株: K12 / 遺伝子: cueO, yacK, b0123, JW0119 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36649
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.62 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 18% w/v Polyethylene glycol 4000, 10% w/v 2-Propanol, 100mM Tris pH 8, 200mM Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 47465 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 18.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 5.129 / Net I/σ(I): 18.2 / Num. measured all: 171001
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.833.70.13524170.9790.0820.1581.1299.9
1.83-1.863.70.13423970.9810.0810.1571.33299.5
1.86-1.93.60.15623200.9740.0940.1822.40496.5
1.9-1.942.90.31321470.8320.1920.36824.41587
1.94-1.983.60.15523590.9640.0940.1824.85798.8
1.98-2.033.70.124290.9860.0590.1162.27699.8
2.03-2.083.70.12123950.9770.0730.1414.95599.6
2.08-2.133.70.09424090.9860.0570.112.76999.6
2.13-2.23.70.08624460.9880.0510.12.858100
2.2-2.273.10.20321890.8350.1320.24316.71389.8
2.27-2.353.60.0823500.9910.0480.0933.0897.5
2.35-2.443.80.07524300.9920.0450.0873.321100
2.44-2.553.80.07224180.9910.0430.0843.277100
2.55-2.693.80.07224320.9920.0430.0833.811100
2.69-2.863.70.06524390.9920.0390.0763.707100
2.86-3.083.80.06424280.9930.0380.0744.26799.9
3.08-3.393.70.06424370.9920.0390.0755.24299.1
3.39-3.883.20.06622930.9890.0420.0798.96994.2
3.88-4.883.50.04422550.9950.0280.0523.86891.9
4.88-503.70.03924750.9940.0240.04610.12598.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KV7

1kv7


解像度: 1.801→35.881 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1941 2328 4.94 %
Rwork0.1608 --
obs0.1624 47096 96.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.38 Å2 / Biso mean: 26.9263 Å2 / Biso min: 10.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.801→35.881 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3604 0 0 509 4113
Biso mean---36.93 -
残基数----469
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8009-1.83770.24751360.18852682281899
1.8377-1.87770.23331540.19152671282599
1.8777-1.92130.39251160.33942329244586
1.9213-1.96940.32021450.25592422256790
1.9694-2.02260.20761480.169227302878100
2.0226-2.08210.20161220.1532694281699
2.0821-2.14930.21291430.156927092852100
2.1493-2.22610.19691470.15742644279198
2.2261-2.31530.2521190.22752401252088
2.3153-2.42060.2161330.15927292862100
2.4206-2.54820.20371300.165627182848100
2.5482-2.70780.22841390.162927182857100
2.7078-2.91680.19021270.160127272854100
2.9168-3.21010.18821510.15527242875100
3.2101-3.67430.17191610.14662656281798
3.6743-4.62760.1491100.11972465257590
4.6276-35.88810.13581470.13072749289699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.71750.36850.21381.2327-0.00070.6363-0.040.15930.05390.0729-0.00770.20710.0278-0.12010.04070.16910.0197-0.01960.2449-0.02840.219-5.2906-0.00268.6458
21.4264-0.1666-0.22671.3497-0.05421.4049-0.01760.0299-0.05050.0768-0.02330.23340.0312-0.19620.0350.1129-0.0034-0.00150.1788-0.01880.2118-9.6243-9.475469.0911
31.41160.5169-0.2132.0769-0.03341.45990.0435-0.0506-0.13680.2654-0.038-0.40130.06470.0805-0.01270.1380.0141-0.05670.14550.01760.190818.6957-11.394677.7415
40.90290.1516-0.02121.0877-0.14170.5048-0.0076-0.0102-0.03270.0588-0.0194-0.03450.0330.00390.02860.12490.0038-0.0130.1314-0.0040.12949.3503-8.593571.0956
51.4515-0.334-0.09011.39930.24061.08730.0310.04480.2587-0.0181-0.0384-0.068-0.14650.0588-0.00230.1461-0.0043-0.0130.12330.01930.162111.26957.525666.4955
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 323 through 376 )A323 - 376
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 377 through 519 )A377 - 519
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 29 through 69 )A29 - 69
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 70 through 267 )A70 - 267
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 268 through 322 )A268 - 322

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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