PDB-6im3: Crystal structure of a highly thermostable carbonic anhydrase fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6im3

タイトル

Crystal structure of a highly thermostable carbonic anhydrase from Persephonella marina EX-H1

要素

Carbonic anhydrase (Carbonate dehydratase)

キーワード

LYASE / Carbonic anhydrase / Zinc metalloenzyme / Persephonella marina EX-H1 / CO2 mineralization / CO2 capture and storage

機能・相同性

機能・相同性情報

carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Persephonella marina (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Jin, M.S. / Kim, S. / Sung, J. / Yeon, J. / Choi, S.H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cells / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of a Highly Thermostable alpha-Carbonic Anhydrase from Persephonella marina EX-H1.
著者: Kim, S. / Sung, J. / Yeon, J. / Choi, S.H. / Jin, M.S.

履歴

登録	2018年10月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2019年7月31日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id / _struct_site_gen.pdbx_num_res / _struct_site_gen.site_id / _struct_site_gen.symmetry
改定 2.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6im3.cif.gz	299.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6im3.ent.gz	238.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6im3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6im3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6im3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6im0C 6im1C 6ekiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6im1-3 4x5s-d 6eki-3 6im1-1 4xz5-2 6eki-1 3ccg-1 2pjq-2 4yzd-3 1atl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase (Carbonate dehydratase)

B: Carbonic anhydrase (Carbonate dehydratase)

C: Carbonic anhydrase (Carbonate dehydratase)

D: Carbonic anhydrase (Carbonate dehydratase)

E: Carbonic anhydrase (Carbonate dehydratase)

F: Carbonic anhydrase (Carbonate dehydratase)

ヘテロ分子

169 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbonic anhydrase (Carbonate dehydratase)

B: Carbonic anhydrase (Carbonate dehydratase)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
56.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: Carbonic anhydrase (Carbonate dehydratase)

ヘテロ分子

C: Carbonic anhydrase (Carbonate dehydratase)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Carbonic anhydrase (Carbonate dehydratase)

ヘテロ分子

D: Carbonic anhydrase (Carbonate dehydratase)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.040, 120.811, 123.915
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 22 - 243 / Label seq-ID: 22 - 243

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase (Carbonate dehydratase) 分子量: 27723.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Persephonella marina (strain DSM 14350 / EX-H1) (バクテリア) 株: DSM 14350 / EX-H1 / 遺伝子: PERMA_1443 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0QRB5, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 5種, 502分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-AZM / 5-ACETAMIDO-1,3,4-THIADIAZOLE-2-SULFONAMIDE / アセタゾラミド分子量: 222.245 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆N₄O₃S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.08 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM glycine pH 9.5, 28-32% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 400, and 200-400 mM calcium chloride dehydrate, 7 mM acetazolamide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→123.92 Å / Num. obs: 113905 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 9.2 % / CC_1/2: 0.995 / R_pim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 42.4
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / Num. unique obs: 11820 / CC_1/2: 0.788 / R_pim(I) all: 0.445

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6EKI

6eki

解像度: 2→123.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 5.053 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.155 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23971	5968	5 %	RANDOM
R_work	0.20949	-	-	-
obs	0.21096	113905	98.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.607 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.9 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.26 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→123.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10818	0	126	472	11416

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	11244
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.02	10636
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.167	1.958	15136
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.563	3	24646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.239	5	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.587	24.333	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.011	15	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.94	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	12486
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	2526
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.013	5.091	5322
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.012	5.09	5321
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.488	7.615	6642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.489	7.615	6643
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.58	5.78	5922
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.58	5.78	5922
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.432	8.362	8495
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.695	40.429	12057
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.684	40.321	11915
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	28208	0.06
1	2	B	28208	0.06
2	1	A	27756	0.07
2	2	C	27756	0.07
3	1	A	27818	0.07
3	2	D	27818	0.07
4	1	A	27890	0.06
4	2	E	27890	0.06
5	1	A	28052	0.06
5	2	F	28052	0.06
6	1	B	27878	0.06
6	2	C	27878	0.06
7	1	B	28030	0.06
7	2	D	28030	0.06
8	1	B	28188	0.05
8	2	E	28188	0.05
9	1	B	28268	0.05
9	2	F	28268	0.05
10	1	C	28120	0.06
10	2	D	28120	0.06
11	1	C	27896	0.07
11	2	E	27896	0.07
12	1	C	27888	0.07
12	2	F	27888	0.07
13	1	D	28058	0.06
13	2	E	28058	0.06
14	1	D	28082	0.06
14	2	F	28082	0.06
15	1	E	28358	0.04
15	2	F	28358	0.04

LS精密化シェル

解像度: 1.997→2.049 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	394	-
R_work	0.348	8048	-
obs	-	-	95.2 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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