PDB-6ilu: Endolysin LysPBC5 CBD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ilu

タイトル

Endolysin LysPBC5 CBD

要素

Lysin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / cell-wall binding / endolysin / PBC5 / SH3b

機能・相同性

Glycoside hydrolase, family 25 / Glycosyl hydrolases family 25 / Glycosyl hydrolase family 25 (GH25) domain profile. / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / Glycoside hydrolase superfamily / lysozyme

機能・相同性情報

生物種

Bacillus phage PBC5 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.601 Å

データ登録者

Suh, J.Y. / Ryu, K.S. / Ryu, S. / Lee, K.O. / Kong, M.S. / Bae, J.W. / Kim, I.T.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for Cell-Wall Recognition by Bacteriophage PBC5 Endolysin.
著者: Lee, K.O. / Kong, M. / Kim, I. / Bai, J. / Cha, S. / Kim, B. / Ryu, K.S. / Ryu, S. / Suh, J.Y.

履歴

登録	2018年10月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月7日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.2	2020年2月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ilu.cif.gz	134.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ilu.ent.gz	106.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ilu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ilu_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ilu_full_validation.pdf.gz	452.2 KB	表示
XML形式データ	6ilu_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	6ilu_validation.cif.gz	27.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/6ilu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/6ilu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6np6-d 7cml-2 3m1b-3 3von-6 3m1b-7 3m17-3 5nw2-2 4w9f-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lysin

B: Lysin

ヘテロ分子

32.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer in solution
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lysin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.823, 107.514, 117.524
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Lysin 分子量: 15519.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage PBC5 (ファージ) / 遺伝子: PBC5_032 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A218KCJ1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MES, lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.601→50 Å / Num. obs: 65554 / % possible obs: 95.96 % / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 54.58
反射シェル	解像度: 1.601→1.641 Å / R_merge(I) obs: 0.337 / Num. unique obs: 5078

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.601→36.361 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 18.68

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1963	2000	3.05 %
R_work	0.1671	-	-
obs	0.168	65554	95.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.601→36.361 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2138	0	88	472	2698

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	2276
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.454	3072
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.554	790
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	288
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	390

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6012-1.6412	0.2716	103	0.2856	3262	X-RAY DIFFRACTION	70
1.6412-1.6856	0.2796	123	0.2545	3938	X-RAY DIFFRACTION	84
1.6856-1.7352	0.2491	136	0.2271	4317	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7352-1.7912	0.2143	148	0.2063	4666	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7912-1.8552	0.2004	146	0.1821	4658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8552-1.9295	0.2044	147	0.1631	4671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9295-2.0173	0.1612	148	0.1503	4684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0173-2.1237	0.1783	148	0.1488	4710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1237-2.2567	0.1599	147	0.1529	4687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2567-2.4309	0.2004	149	0.1571	4736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4309-2.6755	0.2304	149	0.1695	4733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6755-3.0624	0.2104	150	0.1767	4763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0624-3.8577	0.1872	151	0.152	4806	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8577-36.37	0.1816	155	0.1601	4923	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.1643	0.4097	-6.1313	2.1054	-0.4177	9.7104	-0.1646	-0.0485	-0.481	-0.1863	-0.0464	0.5923	0.5475	-0.6875	0.0757	0.1775	0.0086	0.0097	0.2918	0.0329	0.3341	21.1869	9.3377	41.8782
2	1.6308	-0.7323	1.8994	2.1629	0.0991	5.9492	0.1819	0.0316	-0.1272	-0.4389	-0.0465	0.3152	0.2497	-0.4615	-0.0841	0.2769	0.0591	-0.1302	0.2374	0.0271	0.2816	18.9292	11.8427	19.6018
3	3.0972	3.1282	3.0629	5.2648	1.4511	4.5903	-0.1035	0.5393	-0.2647	-0.6279	0.2195	-0.1755	0.0712	0.2743	-0.1121	0.324	0.0652	-0.0294	0.2418	0.0031	0.1779	35.3055	7.9324	21.1676
4	6.0336	0.0865	0.3251	1.1087	-0.124	1.894	0.0574	0.2984	-0.3287	-0.3473	0.0568	0.2995	0.1226	-0.1936	-0.1096	0.2424	0.0507	-0.0893	0.1862	0.0339	0.2525	25.0124	6.8302	24.3799
5	7.8092	-0.6232	1.637	9.8057	-4.0351	2.1708	0.1397	0.6433	0.805	-0.8616	-0.5263	-0.1115	-0.5626	0.1843	0.1904	0.323	0.0536	-0.0051	0.2933	0.047	0.2963	34.6234	19.4524	26.0716
6	3.9112	-0.0442	-0.3431	1.6034	-0.0537	3.8572	0.1615	0.1186	-0.0781	-0.4411	-0.0337	0.2417	0.0064	-0.0532	-0.1209	0.2089	0.0668	-0.0716	0.1817	0.0262	0.2129	28.0968	11.6376	26.3804
7	1.5252	0.7529	1.0352	2.1776	0.7972	2.3538	-0.0187	-0.1748	0.0006	0.063	-0.0624	0.1834	-0.1932	-0.2062	0.098	0.1738	0.0437	0.0598	0.1967	0.0112	0.1928	29.3718	20.2903	49.4714
8	5.7256	-0.8945	1.3118	3.5714	2.771	4.3034	-0.0875	-0.3323	0.381	-0.1664	-0.1688	0.3434	-0.415	-0.4405	0.254	0.1832	0.0377	0.0447	0.1624	0.04	0.1823	29.7821	24.4937	45.6144
9	1.0051	0.5681	1.2343	5.7878	-0.653	5.4667	0.145	0.0396	-0.1062	-0.1669	-0.1569	-0.0995	-0.0568	0.3272	0.0083	0.1549	0.0525	0.033	0.2219	0.0303	0.1961	32.7069	15.8594	42.5617
10	4.5535	2.421	0.5166	4.2823	1.6517	5.2364	0.0479	-0.2404	0.1645	0.1474	-0.1445	0.4483	0.0601	-0.4582	0.1054	0.1586	0.0526	0.0499	0.2036	0.0202	0.2047	25.6952	15.8008	46.8289
11	1.2029	1.6413	0.117	3.1798	1.7216	2.533	0.1879	-0.0558	-0.0552	0.4799	0.0148	-0.576	-0.061	0.3971	-0.1992	0.2028	-0.0255	0.0203	0.2911	0.0191	0.2998	61.9472	24.4949	47.9459
12	3.1145	1.3246	3.5374	3.869	1.433	6.5909	0.198	-0.6282	0.3869	0.1393	-0.248	0.3521	-0.3151	-0.6357	0.018	0.2433	-0.0003	0.097	0.2094	0.005	0.1812	46.2445	30.5477	52.3807
13	5.2574	-0.0089	-0.2173	2.4094	0.9418	1.2889	0.1236	-0.2785	0.0328	0.2365	-0.02	-0.226	-0.0558	0.1481	-0.098	0.2384	-0.0498	0.0361	0.2143	0.0523	0.1865	56.3108	26.7337	52.8721
14	4.3302	-1.8915	1.6808	3.102	1.7359	7.9513	0.2441	0.1683	0.0747	0.0528	-0.0899	0.2291	-0.0912	-0.3206	-0.1917	0.1876	-0.0405	0.0804	0.2025	0.0393	0.2064	49.3177	26.059	47.2877
15	6.0521	1.2186	-1.9839	4.9779	1.0263	3.9974	0.3787	0.1422	0.0319	-0.0557	-0.1605	-0.3419	-0.4701	0.2256	-0.2012	0.1784	-0.0258	0.0462	0.1827	0.0385	0.1744	55.8802	28.1556	44.7734
16	1.7187	0.0748	1.2912	2.3355	0.0087	1.3026	0.0488	0.0646	-0.1374	-0.2694	0.0479	-0.1885	-0.021	0.1767	-0.1078	0.1738	0.0508	0.0501	0.1948	-0.0177	0.1852	52.1915	7.1949	32.1039
17	2.9927	0.0449	0.5118	2.7453	2.8402	3.2939	0.0862	0.2457	-0.0659	-0.4933	0.1296	-0.3517	-0.3327	0.3689	-0.2154	0.2769	0.0456	0.0783	0.2042	0.0328	0.1768	51.8878	12.1007	29.3605
18	1.0831	1.1576	0.5697	5.7011	-1.6107	4.7172	0.1108	-0.0567	0.0842	0.011	0.0725	0.3304	-0.2873	-0.1936	-0.2068	0.1321	0.0405	0.0402	0.1835	0.009	0.179	48.7568	12.4953	38.3837
19	4.1457	0.2437	4.1211	3.9933	2.0789	6.497	0.0686	0.2743	-0.2117	0.0381	0.187	-0.567	0.2373	0.4386	-0.256	0.1524	0.0468	0.0529	0.1649	-0.0037	0.2161	55.7101	8.2477	37.318

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 205 through 211 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 212 through 223 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 224 through 233 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 234 through 251 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 252 through 257 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 258 through 278 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 279 through 300 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 301 through 314 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 315 through 327 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 328 through 339 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 205 through 223 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 224 through 233 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 234 through 251 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 252 through 267 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 268 through 278 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 279 through 300 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 301 through 314 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 315 through 327 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 328 through 339 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)