ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
---|
REFMAC | 5.8.0158精密化 | HKL-2000 | | データスケーリング | HKL-2000 | | データ収集 | HKL-2000 | | データ削減 | MOLREP | | 位相決定 | |
|
---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5E5D 解像度: 1.93→49.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 2.802 / SU ML: 0.08 / SU R Cruickshank DPI: 0.1235 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.119 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
---|
Rfree | 0.2307 | 1066 | 5.2 % | RANDOM |
---|
Rwork | 0.1953 | - | - | - |
---|
obs | 0.1971 | 19579 | 96.42 % | - |
---|
|
---|
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å |
---|
原子変位パラメータ | Biso max: 89.52 Å2 / Biso mean: 28.001 Å2 / Biso min: 15.67 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
---|
1- | -0 Å2 | -0 Å2 | -0 Å2 |
---|
2- | - | -0 Å2 | 0 Å2 |
---|
3- | - | - | 0.01 Å2 |
---|
|
---|
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.93→49.91 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
---|
原子数 | 1250 | 0 | 28 | 40 | 1318 |
---|
Biso mean | - | - | 55.6 | 30.63 | - |
---|
残基数 | - | - | - | - | 160 |
---|
|
---|
拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
---|
X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.021 | 0.019 | 1304 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.002 | 0.02 | 1203 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg2.306 | 1.988 | 1767 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg1.101 | 3 | 2769 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg7.131 | 5 | 158 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg33.062 | 22.742 | 62 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg12.256 | 15 | 201 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg16.778 | 15 | 13 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.14 | 0.2 | 191 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.011 | 0.021 | 1459 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.001 | 0.02 | 286 | | | | | | | | | | | |
|
---|
LS精密化 シェル | 解像度: 1.934→1.984 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
---|
Rfree | 0.269 | 73 | - |
---|
Rwork | 0.257 | 1348 | - |
---|
all | - | 1421 | - |
---|
obs | - | - | 92.63 % |
---|
|
---|