PDB-6ikn: Crystal structure of the GAS7 F-BAR domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ikn

タイトル

Crystal structure of the GAS7 F-BAR domain

要素

Growth arrest-specific protein 7

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / membrane deformation / phagocytosis / F-BAR domain

機能・相同性

機能・相同性情報

actin filament bundle assembly / ruffle / actin filament polymerization / neuron projection morphogenesis / actin filament / neuron differentiation / actin filament binding / regulation of cell shape / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Hanawa-Suetsugu, K. / Itoh, Y. / Kohda, D. / Shimada, A. / Suetsugu, S.

資金援助

日本, 11件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science	KAKENHI 24687014	日本
Japan Society for the Promotion of Science	KAKENHI 25121726	日本
Japan Society for the Promotion of Science	KAKENHI 17K07309	日本
Japan Society for the Promotion of Science	KAKENHI 26291037	日本
Japan Society for the Promotion of Science	KAKENHI 15H0164	日本
Japan Society for the Promotion of Science	KAKENHI 15H05902	日本
Japan Society for the Promotion of Science	KAKENHI 17H03674	日本
Japan Society for the Promotion of Science	KAKENHI 17H06006	日本
Japan Society for the Promotion of Science	NEXT program LS031	日本
Japan Society for the Promotion of Science	KAKENHI 16K07351	日本
Japan Society for the Promotion of Science	KAKENHI 23121507	日本

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Phagocytosis is mediated by two-dimensional assemblies of the F-BAR protein GAS7.
著者: Hanawa-Suetsugu, K. / Itoh, Y. / Ab Fatah, M. / Nishimura, T. / Takemura, K. / Takeshita, K. / Kubota, S. / Miyazaki, N. / Wan Mohamad Noor, W.N.I. / Inaba, T. / Nguyen, N.T.H. / Hamada- ...

履歴

登録	2018年10月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ikn.cif.gz	517.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ikn.ent.gz	430.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ikn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ikn_validation.pdf.gz	448.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ikn_full_validation.pdf.gz	464.1 KB	表示
XML形式データ	6ikn_validation.xml.gz	41.2 KB	表示
CIF形式データ	6ikn_validation.cif.gz	56.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/6ikn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/6ikn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ikoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6iko-d 6xj1-d 4dyl-1 2efl-1 1ojv-d 1ok3-d 1ojy-2 1ok1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (6) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Growth arrest-specific protein 7

B: Growth arrest-specific protein 7

C: Growth arrest-specific protein 7

D: Growth arrest-specific protein 7

158 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Growth arrest-specific protein 7

B: Growth arrest-specific protein 7

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
79.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Growth arrest-specific protein 7

D: Growth arrest-specific protein 7

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.264, 87.281, 88.793
Angle α, β, γ (deg.)	80.98, 74.72, 79.73
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Growth arrest-specific protein 7 / GAS-7 分子量: 39618.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gas7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60780*PLUS
Has protein modification	Y
配列の詳細	The authors state the reference sequence is GenBank XM_006532202.1 and that residues 146-165 are ...The authors state the reference sequence is GenBank XM_006532202.1 and that residues 146-165 are expression tags.

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: PEG 4000, PEG 8000, ammonium sulfate, 80 mM HEPES-NaOH (pH 7.5), MES (pH 6.5) PH範囲: 6.5-7.5

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 30444 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 3→3.05 Å / Num. unique obs: 1515 / CC_1/2: 0.49

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3→32.029 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.45

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2547	1501	5.04 %
R_work	0.194	-	-
obs	0.197	29801	98.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→32.029 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10017	0	0	0	10017

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	10181
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.934	13660
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.573	4032
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	1473
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1778

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.0968	0.3244	135	0.2875	2520	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0968-3.2074	0.3222	135	0.2521	2550	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2074-3.3356	0.2941	129	0.2543	2610	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3356-3.4873	0.2904	128	0.2362	2592	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4873-3.6709	0.2822	151	0.2077	2543	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6709-3.9005	0.2588	136	0.1908	2577	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9005-4.2011	0.2411	144	0.1819	2585	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2011-4.6227	0.2398	145	0.164	2571	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6227-5.289	0.2141	133	0.1631	2592	X-RAY DIFFRACTION	99
5.289-6.6538	0.2727	139	0.2077	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6538-32.031	0.2029	126	0.1528	2561	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0003	-0.4553	1.9071	0.9492	-0.1821	1.8676	-0.2275	1.8081	0.0059	-0.2857	0.327	0.4352	-0.0269	-1.268	-0.034	0.4314	-0.0105	-0.1033	0.9119	0.088	0.3317	25.3977	10.2387	-1.5928
2	6.0671	-3.9946	2.2644	2.4973	-1.0958	1.1496	-0.6864	-0.8829	0.0735	0.4762	0.5891	-0.1637	-0.2119	-0.2847	0.0442	0.3719	0.0621	0.0281	0.3718	0.0491	0.3618	59.8166	-12.8255	21.0967
3	3.9568	-4.4624	3.79	5.1955	-2.7688	4.9955	-0.0701	-0.8878	0.2022	0.1847	0.2588	0.5935	0.5855	-0.0857	-0.0516	0.4979	0.0866	-0.0521	0.5012	0.0968	0.4969	22.3692	11.4162	16.3927
4	3.1922	-1.9708	0.3587	2.6762	-0.5998	0.5696	-0.0857	-0.1711	1.2403	-0.0563	0.1103	-0.4088	0.0134	-0.1036	0.009	0.4578	0.0087	-0.0273	0.3177	-0.0597	0.2779	30.9818	10.894	12.2067
5	3.272	-4.2273	1.5309	4.6673	-0.8428	2.4946	-0.0275	0.1618	0.5531	0.2828	-0.2423	-0.3398	-0.091	0.4458	0.2859	0.2589	0.0513	-0.0108	0.3987	0.0537	0.4635	106.4005	-40.4837	29.1652
6	1.7731	-2.001	-0.1359	5.5216	-2.1728	6.1216	0.1804	0.1516	0.5871	-0.1366	-0.3516	-0.9229	0.6446	0.4838	0.2075	0.4442	0.0357	-0.0748	0.5455	-0.0426	0.656	115.3196	-52.4564	36.5186
7	4.745	-5.8019	4.8054	6.4713	-4.7284	3.4705	-0.4891	-0.9321	-1.0505	0.1739	0.7536	0.4193	-0.2708	-0.3557	-0.1858	0.3805	0.0892	0.0354	0.3671	0.0778	0.4835	81.5209	-39.6787	26.3935
8	7.0023	-5.3524	1.5403	7.3855	-1.7441	1.973	0.144	-0.3902	-0.343	-0.5365	0.0303	0.2252	0.1833	-0.0988	-0.0464	0.3443	-0.0155	-0.0031	0.3472	0.0405	0.2622	68.5843	-28.3711	14.443
9	6.9627	-4.9994	1.5493	6.7847	-2.7979	3.1376	0.0075	-0.4163	-0.3262	-0.1355	-0.0979	0.1849	0.619	0.4481	-0.0341	0.7718	0.1909	-0.0609	0.5865	0.057	0.4875	118.2051	-74.737	39.3434
10	7.4444	-6.3836	2.0721	5.6192	-1.8723	0.8106	0.2044	-0.0334	0.0403	-0.307	-0.12	-0.1251	0.2431	0.1276	0.0217	0.4507	0.0486	-0.0342	0.3308	-0.0297	0.3071	90.4063	-40.6282	19.8835
11	7.8314	-2.0559	-1.6095	5.4043	3.5603	2.5463	-0.7895	-2.4772	0.0493	1.4256	0.5915	0.7364	-0.4001	-1.3669	0.2122	0.7004	0.0708	0.1993	1.02	0.0338	0.5516	-0.6341	-36.874	5.1663
12	5.8856	3.7972	-1.8978	2.6874	-1.2681	1.0827	-0.4648	0.916	0.0042	-0.2764	0.5452	0.0504	0.0303	-0.1602	-0.0573	0.4108	-0.0831	0.0339	0.4382	-0.0397	0.3611	33.4518	-13.7336	-17.1379
13	3.6416	4.1733	-1.456	3.6322	-1.8815	1.966	0.2964	1.5179	0.0086	-0.5674	0.3313	0.6646	-0.3118	-0.2357	0.0222	0.4402	-0.1676	0.1192	0.7372	-0.034	0.682	-7.3978	-38.6356	-11.7282
14	1.0204	-0.1736	-0.105	1.6578	-1.2558	0.9756	0.0522	0.1308	-0.1176	-0.3041	0.2881	1.605	0.3676	-0.7982	-0.0815	0.843	-0.1004	0.0097	1.2887	0.0166	1.1862	-43.9782	-51.0846	-0.2617
15	5.2741	3.3016	-1.0361	2.5572	-0.7742	0.4625	-0.1743	0.1959	-0.7196	-0.1357	0.1187	-0.342	0.0728	-0.02	0.1416	0.4187	-0.0703	0.0677	0.2793	-0.1669	0.2639	32.638	-20.643	-14.0008
16	5.6182	3.2784	-3.1931	6.952	-6.6031	9.5567	-0.1882	-0.0396	-0.0247	-0.0776	0.1149	-0.4682	-0.2505	-0.0439	0.0228	0.6115	-0.117	0.1859	0.765	-0.3965	0.6173	90.31	25.4986	-30.544
17	6.2219	8.1959	-5.921	8.913	-4.7201	3.7433	0.1383	-0.0434	0.4286	-0.1281	-0.0067	0.0223	-0.1323	0.1458	-0.2376	0.4678	-0.1318	0.0223	0.4951	0.051	0.3829	55.4977	12.9143	-22.2272
18	8.0911	7.4562	-1.4455	9.1202	-0.8962	0.3634	0.4484	0.0542	0.2019	0.5315	-0.2399	0.1355	-0.0546	0.1805	-0.2907	0.3525	-0.015	0.0383	0.476	0.0755	0.2305	36.6279	-4.1994	-8.9593
19	2.5848	-0.2628	-1.4775	5.8806	-2.8911	2.0033	0.6597	0.1497	2.8135	-0.0668	-0.142	-0.8731	-3.0586	0.4245	-0.8885	-0.0029	-0.3502	0.3891	1.0365	0.3152	1.2337	59.2148	20.4319	-15.5052
20	2.9439	1.064	-0.0818	3.8953	-0.7821	1.7501	0.326	0.7554	0.6758	-0.0556	-0.1397	0.3281	-0.6688	0.0263	-0.1023	1.0976	-0.2577	0.4363	0.7175	-0.0536	1.0868	94.5873	47.2568	-34.8253
21	8.5096	6.597	-2.6655	5.9011	-2.1388	1.4097	0.6514	-0.1921	0.4188	0.6325	-0.253	-0.0848	-0.591	0.2786	-0.2303	0.5444	-0.1154	0.143	0.4569	-0.1367	0.4983	63.9437	12.4997	-14.8126

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 171 through 192 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 193 through 308 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 309 through 351 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 352 through 440 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 441 through 475 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 172 through 218 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 219 through 259 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 310 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 311 through 360 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 361 through 475 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 172 through 192 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 193 through 308 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 309 through 355 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 356 through 363 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 364 through 475 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 172 through 218 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 219 through 259 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 260 through 299 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 300 through 310 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 311 through 362 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 363 through 475 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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