[日本語] English
万見
- PDB-6xj1: Crystal Structure of CDC15 F-BAR Domain from Schizosaccharomyces pombe -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xj1
タイトルCrystal Structure of CDC15 F-BAR Domain from Schizosaccharomyces pombe
要素Cell division control protein 15
キーワードCELL CYCLE / Cell division control protein 15 / cytoskeletal protein binding / cytoskeletal protein membrane adaptor / phospholipid binding
機能・相同性
機能・相同性情報


medial membrane band / establishment of bipolar cell polarity / medial cortical node / mitotic actomyosin contractile ring, proximal layer / Clathrin-mediated endocytosis / mitotic actomyosin contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring assembly / cytoskeletal protein-membrane anchor activity / actin cortical patch / cell tip ...medial membrane band / establishment of bipolar cell polarity / medial cortical node / mitotic actomyosin contractile ring, proximal layer / Clathrin-mediated endocytosis / mitotic actomyosin contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring assembly / cytoskeletal protein-membrane anchor activity / actin cortical patch / cell tip / clathrin-dependent endocytosis / mating projection tip / cell division site / cytoskeleton organization / phospholipid binding / cytoplasmic side of plasma membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / SH3 domain / Src homology 3 domains ...Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division control protein 15
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Chandra, M. / Jackson, L.P. / Snider, C.E. / Gould, K.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH R35GM119525 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Opposite Surfaces of the Cdc15 F-BAR Domain Create a Membrane Platform That Coordinates Cytoskeletal and Signaling Components for Cytokinesis.
著者: Snider, C.E. / Chandra, M. / McDonald, N.A. / Willet, A.H. / Collier, S.E. / Ohi, M.D. / Jackson, L.P. / Gould, K.L.
履歴
登録2020年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cell division control protein 15
B: Cell division control protein 15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0742
ポリマ－68,0742
非ポリマー00
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8510 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area31730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.777, 75.171, 93.239
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.330, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Cell division control protein 15


分子量: 34037.227 Da / 分子数: 2 / 変異: E30K, E152K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: cdc15, SPAC20G8.05c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09822
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 100 mM HEPES (pH 7.0), 1.1 M Sodium Malonate Dibasic Monohydrate (pH 7.0) and 1% Jeffamine ED 2003 (pH 7.0)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→37.59 Å / Num. obs: 59833 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 688 / % possible all: 88.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C1F

5c1f


解像度: 3.52→37.59 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3096 483 5.37 %
Rwork0.2667 8516 -
obs0.2691 26635 94.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.26 Å2 / Biso mean: 48.5412 Å2 / Biso min: 0.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.52→37.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4404 0 0 55 4459
Biso mean---22.96 -
残基数----543
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.52-4.030.37381350.26162647278288
4.03-5.070.28721860.24362926311299
5.07-37.590.28421620.30042943310596

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る