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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ijw | ||||||||||||||||||||
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タイトル | SOLUTION NMR STRUCTURE OF A DODECAMERIC dsDNA COMPLEXED WITH A NIR FLUORESCENT PROBE QCy-DT | ||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / dsDNA / ligand / QCy-DT | 機能・相同性 | Chem-QCY / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | Homo sapiens (ヒト) | 手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | データ登録者 | Ganguly, S. / Basu, G. | 引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021 | タイトル: DNA Minor Groove-Induced cis - trans Isomerization of a Near-Infrared Fluorescent Probe. 著者: Ganguly, S. / Murugan, N.A. / Ghosh, D. / Narayanaswamy, N. / Govindaraju, T. / Basu, G. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ijw.cif.gz | 81.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ijw.ent.gz | 55.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ijw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ijw_validation.pdf.gz | 481.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ijw_full_validation.pdf.gz | 702.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ijw_validation.xml.gz | 39.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ijw_validation.cif.gz | 35.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/6ijw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/6ijw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5zldC 6ijvC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) #2: 化合物 | ChemComp-QCY / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 10mM NaCl mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 5 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 4 |