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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ijn | |||||||||
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タイトル | The D295N mutant of the N6-methyl-AMP deaminase from Arabidopsis thaliana complexed with N6m-AMP | |||||||||
![]() | Adenosine/AMP deaminase family protein | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Purine metabolism / deaminase / N6-methyladensosine / Tim-barrel / inosine / epigenetics | |||||||||
機能・相同性 | ![]() N6-methyl-AMP deaminase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用 / inosine biosynthetic process / deaminase activity / adenosine catabolic process / adenosine deaminase activity / nucleotide metabolic process / RNA catabolic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Xie, W. / Jia, Q. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Alternative conformation induced by substrate binding for Arabidopsis thalianaN6-methyl-AMP deaminase. 著者: Jia, Q. / Xie, W. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 756 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 757.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42492.453 Da / 分子数: 1 / 変異: D295N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: At4g04880, T4B21.20, T4B21_20 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-6MZ / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.74 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 32% PEG 3350, 0.1 M NaCl, 0.1 M Tris-HCl (pH 9.0). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.66→50 Å / Num. obs: 42279 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0.051 / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 20.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.66→1.72 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique obs: 4139 / CC1/2: 0.959 / % possible all: 99.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2ADA 解像度: 1.66→43.268 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.58
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.66→43.268 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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